Learn to use tools from the Bioconductor project to perform analysis of genomic data. This is the fifth course in the Genomic Big Data Specialization from Johns Hopkins University.
от партнера
Специализация Наука о геномных данныхУниверситет Джонса ХопкинсаОб этом курсе
Недавно просмотрено: 23,881
Сертификат, ссылками на который можно делиться с другими людьми
Получите сертификат по завершении
100% онлайн
Начните сейчас и учитесь по собственному графику.
Курс 6 из 8 в программе
Гибкие сроки
Назначьте сроки сдачи в соответствии со своим графиком.
Прибл. 8 часов на выполнение
Английский
Субтитры: Английский
Приобретаемые навыки
BioinformaticsBioconductorGenomicsR Programming
Сертификат, ссылками на который можно делиться с другими людьми
Получите сертификат по завершении
100% онлайн
Начните сейчас и учитесь по собственному графику.
Курс 6 из 8 в программе
Гибкие сроки
Назначьте сроки сдачи в соответствии со своим графиком.
Прибл. 8 часов на выполнение
Английский
Субтитры: Английский
от партнера
Университет Джонса Хопкинса
The mission of The Johns Hopkins University is to educate its students and cultivate their capacity for life-long learning, to foster independent and original research, and to bring the benefits of discovery to the world.
Программа курса: что вы изучите
3 ч. на завершение
Week One
The class will cover how to install and use Bioconductor software. We will discuss common data structures, including ExpressionSets, SummarizedExperiment and GRanges used across several types of analyses.
3 ч. на завершение
16 видео ((всего 126 мин.)), 3 материалов для самостоятельного изучения, 1 тест
16 видео
Installing R on A Mac 2мин
Installing R Studio on a Mac 1мин
What is Bioconductor7мин
Installing Bioconductor3мин
The Bioconductor Website9мин
Useful Online Resources5мин
R Base Types18мин
GRanges - Overview4мин
IRanges - Basic Usage12мин
GenomicRanges - GRanges8мин
GenomicRanges - Basic GRanges Usage8мин
GenomicRanges - seqinfo6мин
AnnotationHub8мин
Usecase: AnnotationHub and GRanges, part 112мин
Usecase: AnnotationHub and GRanges, part 213мин
3 материала для самостоятельного изучения
Welcome10мин
Syllabus10мин
Pre Course Survey10мин
1 практическое упражнение
Quiz 120мин
2 ч. на завершение
Week Two
In this week we will learn how to represent and compute on biological sequences, both at the whole-genome level and at the level of millions of short reads.
2 ч. на завершение
8 видео ((всего 81 мин.))
8 видео
Biostrings7мин
BSgenome6мин
Biostrings - Matching6мин
BSgenome - Views9мин
GenomicRanges - Rle12мин
GenomicRanges - Lists6мин
GenomicFeatures18мин
rtracklayer - Data Import14мин
1 практическое упражнение
Quiz 220мин
2 ч. на завершение
Week Three
In this week we will cover Basic Data Types, ExpressionSet, biomaRt, and R S4.
2 ч. на завершение
9 видео ((всего 79 мин.))
9 видео
Basic Data Types4мин
Annotation Overview4мин
ExpressionSet Overview4мин
ExpressionSet9мин
SummarizedExperiment7мин
GEOquery6мин
biomaRt13мин
R S4 Classes16мин
R S4 Methods10мин
1 практическое упражнение
Quiz 320мин
2 ч. на завершение
Week Four
In this week, we will cover Getting data in Bioconductor, Rsamtools, oligo, limma, and minfi
2 ч. на завершение
7 видео ((всего 81 мин.)), 1 материал для самостоятельного изучения, 1 тест
7 видео
Short Read4мин
Rsamtools12мин
oligo14мин
limma16мин
minfi11мин
Count-based RNA-seq analysis15мин
1 материал для самостоятельного изучения
Post Course Survey10мин
1 практическое упражнение
Quiz 420мин
Рецензии
Лучшие отзывы о курсе ИНСТРУМЕНТЫ BIOCONDUCTOR ИЗУЧЕНИЯ ГЕНОМНЫХ ДАННЫХ
от партнера JK30 авг. 2016 г.
I think it is a good class overall but the pace is fast and the resources that can help you is lacking. This will be good for someone who already kind of understands bioconductor.
от партнера GK27 авг. 2019 г.
Before you can run, you must learn to walk. Kasper's well paced tutorials will give you confidence using the tools you need for genomic study.
от партнера MA11 мар. 2016 г.
Excellent introduction to Bioconductor. Thanks to the team. However, absence of inputs from TA or Instructor was felt in the discussion.
от партнера AB11 апр. 2018 г.
Amazing course, motivated me to use bio conductor for descriptive seq studies of DNA.
Специализация Наука о геномных данных: общие сведения
With genomics sparks a revolution in medical discoveries, it becomes imperative to be able to better understand the genome, and be able to leverage the data and information from genomic datasets. Genomic Data Science is the field that applies statistics and data science to the genome.
This Specialization covers the concepts and tools to understand, analyze, and interpret data from next generation sequencing experiments. It teaches the most common tools used in genomic data science including how to use the command line, along with a variety of software implementation tools like Python, R, Bioconductor, and Galaxy.
This Specialization is designed to serve as both a standalone introduction to genomic data science or as a perfect compliment to a primary degree or postdoc in biology, molecular biology, or genetics, for scientists in these fields seeking to gain familiarity in data science and statistical tools to better interact with the data in their everyday work.
To audit Genomic Data Science courses for free, visit https://www.coursera.org/jhu, click the course, click Enroll, and select Audit. Please note that you will not receive a Certificate of Completion if you choose to Audit.
Часто задаваемые вопросы
Когда я получу доступ к лекциям и заданиям?
Access to lectures and assignments depends on your type of enrollment. If you take a course in audit mode, you will be able to see most course materials for free. To access graded assignments and to earn a Certificate, you will need to purchase the Certificate experience, during or after your audit. If you don't see the audit option:
- The course may not offer an audit option. You can try a Free Trial instead, or apply for Financial Aid.
- The course may offer 'Full Course, No Certificate' instead. This option lets you see all course materials, submit required assessments, and get a final grade. This also means that you will not be able to purchase a Certificate experience.
Что я получу, оформив подписку на специализацию?
Записавшись на курс, вы получите доступ ко всем курсам в специализации, а также возможность получить сертификат о его прохождении. После успешного прохождения курса на странице ваших достижений появится электронный сертификат. Оттуда его можно распечатать или прикрепить к профилю LinkedIn. Просто ознакомиться с содержанием курса можно бесплатно.
Какие правила возврата средств?
Когда вы оформите подписку, начнется семидневный бесплатный пробный период, в течение которого подписку можно отменить без штрафа. По истечении этого срока вы не сможете вернуть средства, но сможете отменить подписку в любой момент. Ознакомьтесь с нашей политикой возврата средств.
Можно ли получить финансовую помощь?
Да, Coursera предоставляет финансовую помощь учащимся, которые не могут оплатить обучение. Чтобы подать заявление, перейдите по ссылке "Финансовая помощь" слева под кнопкой "Зарегистрироваться". Заполните форму заявления. Если его примут, вы получите уведомление. Обратите внимание: этот шаг необходимо выполнить для каждого курса специализации, в том числе для дипломного проекта. Подробнее
Остались вопросы? Посетите Центр поддержки учащихся.
