Learn to use tools from the Bioconductor project to perform analysis of genomic data. This is the fifth course in the Genomic Big Data Specialization from Johns Hopkins University.
Этот курс входит в специализацию ''Специализация Наука о геномных данных'
Инструменты Bioconductor изучения геномных данных
от партнера
Об этом курсе
Недавно просмотрено: 11,810
Приобретаемые навыки
BioinformaticsBioconductorGenomicsR Programming
Учащиеся, которые проходят продукт ''Course'
- Biostatisticians
- Biologists
- Scientists
- Researchers
- Data Scientists
Программа курса: что вы изучите
Неделя
13 ч. на завершение
Week One
The class will cover how to install and use Bioconductor software. We will discuss common data structures, including ExpressionSets, SummarizedExperiment and GRanges used across several types of analyses.
16 видео ((всего 126 мин.)), 3 материалов для самостоятельного изучения, 1 тест
16 видео
Installing R on A Mac 2мин
Installing R Studio on a Mac 1мин
What is Bioconductor7мин
Installing Bioconductor3мин
The Bioconductor Website9мин
Useful Online Resources5мин
R Base Types18мин
GRanges - Overview4мин
IRanges - Basic Usage12мин
GenomicRanges - GRanges8мин
GenomicRanges - Basic GRanges Usage8мин
GenomicRanges - seqinfo6мин
AnnotationHub8мин
Usecase: AnnotationHub and GRanges, part 112мин
Usecase: AnnotationHub and GRanges, part 213мин
3 материала для самостоятельного изучения
Welcome10мин
Syllabus10мин
Pre Course Survey10мин
1 практическое упражнение
Quiz 120мин
Неделя
22 ч. на завершение
Week Two
In this week we will learn how to represent and compute on biological sequences, both at the whole-genome level and at the level of millions of short reads.
8 видео ((всего 81 мин.)), 1 тест
8 видео
Biostrings7мин
BSgenome6мин
Biostrings - Matching6мин
BSgenome - Views9мин
GenomicRanges - Rle12мин
GenomicRanges - Lists6мин
GenomicFeatures18мин
rtracklayer - Data Import14мин
1 практическое упражнение
Quiz 220мин
Неделя
32 ч. на завершение
Week Three
In this week we will cover Basic Data Types, ExpressionSet, biomaRt, and R S4.
9 видео ((всего 79 мин.)), 1 тест
9 видео
Basic Data Types4мин
Annotation Overview4мин
ExpressionSet Overview4мин
ExpressionSet9мин
SummarizedExperiment7мин
GEOquery6мин
biomaRt13мин
R S4 Classes16мин
R S4 Methods10мин
1 практическое упражнение
Quiz 320мин
Неделя
42 ч. на завершение
Week Four
In this week, we will cover Getting data in Bioconductor, Rsamtools, oligo, limma, and minfi
7 видео ((всего 81 мин.)), 1 материал для самостоятельного изучения, 1 тест
7 видео
Short Read4мин
Rsamtools12мин
oligo14мин
limma16мин
minfi11мин
Count-based RNA-seq analysis15мин
1 материал для самостоятельного изучения
Post Course Survey10мин
1 практическое упражнение
Quiz 420мин
4.0
Рецензии: 38Лучшие отзывы о курсе Инструменты Bioconductor изучения геномных данных
Before you can run, you must learn to walk.\n\nKasper's well paced tutorials will give you confidence using the tools you need for genomic study.
Excellent introduction to Bioconductor. Thanks to the team. However, absence of inputs from TA or Instructor was felt in the discussion.
Преподаватели
Kasper Daniel Hansen, PhD
Assistant Professor, Biostatistics and Genetic MedicineBloomberg School of Public Health
О Университет Джонса Хопкинса
The mission of The Johns Hopkins University is to educate its students and cultivate their capacity for life-long learning, to foster independent and original research, and to bring the benefits of discovery to the world.
Специализация Наука о геномных данных: общие сведения
With genomics sparks a revolution in medical discoveries, it becomes imperative to be able to better understand the genome, and be able to leverage the data and information from genomic datasets. Genomic Data Science is the field that applies statistics and data science to the genome.
This Specialization covers the concepts and tools to understand, analyze, and interpret data from next generation sequencing experiments. It teaches the most common tools used in genomic data science including how to use the command line, along with a variety of software implementation tools like Python, R, Bioconductor, and Galaxy.
This Specialization is designed to serve as both a standalone introduction to genomic data science or as a perfect compliment to a primary degree or postdoc in biology, molecular biology, or genetics, for scientists in these fields seeking to gain familiarity in data science and statistical tools to better interact with the data in their everyday work.
To audit Genomic Data Science courses for free, visit https://www.coursera.org/jhu, click the course, click Enroll, and select Audit. Please note that you will not receive a Certificate of Completion if you choose to Audit.
Часто задаваемые вопросы
Когда я получу доступ к лекциям и заданиям?
Зарегистрировавшись на сертификацию, вы получите доступ ко всем видео, тестам и заданиям по программированию (если они предусмотрены). Задания по взаимной оценке сокурсниками можно сдавать и проверять только после начала сессии. Если вы проходите курс без оплаты, некоторые задания могут быть недоступны.
Что я получу, оформив подписку на специализацию?
Записавшись на курс, вы получите доступ ко всем курсам в специализации, а также возможность получить сертификат о его прохождении. После успешного прохождения курса на странице ваших достижений появится электронный сертификат. Оттуда его можно распечатать или прикрепить к профилю LinkedIn. Просто ознакомиться с содержанием курса можно бесплатно.
Какие правила возврата средств?
Можно ли получить финансовую помощь?
Остались вопросы? Посетите Центр поддержки учащихся.