Learn to use tools from the Bioconductor project to perform analysis of genomic data. This is the fifth course in the Genomic Big Data Specialization from Johns Hopkins University.
от партнера
Специализация Наука о геномных данныхУниверситет Джонса ХопкинсаОб этом курсе
Недавно просмотрено: 19,181
Сертификат, ссылками на который можно делиться с другими людьми
Получите сертификат по завершении
100% онлайн
Начните сейчас и учитесь по собственному графику.
Курс 6 из 8 в программе
Гибкие сроки
Назначьте сроки сдачи в соответствии со своим графиком.
Прибл. 9 часов на выполнение
Английский
Субтитры: Французский, Португальский (бразильский), Русский, Английский, Испанский
Приобретаемые навыки
BioinformaticsBioconductorGenomicsR Programming
Сертификат, ссылками на который можно делиться с другими людьми
Получите сертификат по завершении
100% онлайн
Начните сейчас и учитесь по собственному графику.
Курс 6 из 8 в программе
Гибкие сроки
Назначьте сроки сдачи в соответствии со своим графиком.
Прибл. 9 часов на выполнение
Английский
Субтитры: Французский, Португальский (бразильский), Русский, Английский, Испанский
от партнера
Университет Джонса Хопкинса
The mission of The Johns Hopkins University is to educate its students and cultivate their capacity for life-long learning, to foster independent and original research, and to bring the benefits of discovery to the world.
Программа курса: что вы изучите
3 ч. на завершение
Week One
The class will cover how to install and use Bioconductor software. We will discuss common data structures, including ExpressionSets, SummarizedExperiment and GRanges used across several types of analyses.
3 ч. на завершение
16 видео ((всего 126 мин.)), 3 материалов для самостоятельного изучения, 1 тест
16 видео
Installing R on A Mac 2мин
Installing R Studio on a Mac 1мин
What is Bioconductor7мин
Installing Bioconductor3мин
The Bioconductor Website9мин
Useful Online Resources5мин
R Base Types18мин
GRanges - Overview4мин
IRanges - Basic Usage12мин
GenomicRanges - GRanges8мин
GenomicRanges - Basic GRanges Usage8мин
GenomicRanges - seqinfo6мин
AnnotationHub8мин
Usecase: AnnotationHub and GRanges, part 112мин
Usecase: AnnotationHub and GRanges, part 213мин
3 материала для самостоятельного изучения
Welcome10мин
Syllabus10мин
Pre Course Survey10мин
1 практическое упражнение
Quiz 130мин
2 ч. на завершение
Week Two
In this week we will learn how to represent and compute on biological sequences, both at the whole-genome level and at the level of millions of short reads.
2 ч. на завершение
8 видео ((всего 81 мин.))
8 видео
Biostrings7мин
BSgenome6мин
Biostrings - Matching6мин
BSgenome - Views9мин
GenomicRanges - Rle12мин
GenomicRanges - Lists6мин
GenomicFeatures18мин
rtracklayer - Data Import14мин
1 практическое упражнение
Quiz 230мин
2 ч. на завершение
Week Three
In this week we will cover Basic Data Types, ExpressionSet, biomaRt, and R S4.
2 ч. на завершение
9 видео ((всего 79 мин.))
9 видео
Basic Data Types4мин
Annotation Overview4мин
ExpressionSet Overview4мин
ExpressionSet9мин
SummarizedExperiment7мин
GEOquery6мин
biomaRt13мин
R S4 Classes16мин
R S4 Methods10мин
1 практическое упражнение
Quiz 330мин
2 ч. на завершение
Week Four
In this week, we will cover Getting data in Bioconductor, Rsamtools, oligo, limma, and minfi
2 ч. на завершение
7 видео ((всего 81 мин.)), 1 материал для самостоятельного изучения, 1 тест
7 видео
Short Read4мин
Rsamtools12мин
oligo14мин
limma16мин
minfi11мин
Count-based RNA-seq analysis15мин
1 материал для самостоятельного изучения
Post Course Survey10мин
1 практическое упражнение
Quiz 430мин
Рецензии
Лучшие отзывы о курсе ИНСТРУМЕНТЫ BIOCONDUCTOR ИЗУЧЕНИЯ ГЕНОМНЫХ ДАННЫХ
от партнера JK30 авг. 2016 г.
I think it is a good class overall but the pace is fast and the resources that can help you is lacking. This will be good for someone who already kind of understands bioconductor.
от партнера GK27 авг. 2019 г.
Before you can run, you must learn to walk. Kasper's well paced tutorials will give you confidence using the tools you need for genomic study.
от партнера MA11 мар. 2016 г.
Excellent introduction to Bioconductor. Thanks to the team. However, absence of inputs from TA or Instructor was felt in the discussion.
от партнера AB11 апр. 2018 г.
Amazing course, motivated me to use bio conductor for descriptive seq studies of DNA.
Специализация Наука о геномных данных: общие сведения
With genomics sparks a revolution in medical discoveries, it becomes imperative to be able to better understand the genome, and be able to leverage the data and information from genomic datasets. Genomic Data Science is the field that applies statistics and data science to the genome.
Часто задаваемые вопросы
Когда я получу доступ к лекциям и заданиям?
Что я получу, оформив подписку на специализацию?
Is financial aid available?
Остались вопросы? Посетите Центр поддержки учащихся.
