Learn to use tools from the Bioconductor project to perform analysis of genomic data. This is the fifth course in the Genomic Big Data Specialization from Johns Hopkins University.
Этот курс входит в специализацию ''Специализация Genomic Data Science'
Bioconductor for Genomic Data Science
от партнера
Программа курса: что вы изучите
Неделя
1Week One
The class will cover how to install and use Bioconductor software. We will discuss common data structures, including ExpressionSets, SummarizedExperiment and GRanges used across several types of analyses.
16 видео (всего 126 мин.), 3 материалов для самостоятельного изучения, 1 тест
16 видео
Installing R on A Mac 2мин
Installing R Studio on a Mac 1мин
What is Bioconductor7мин
Installing Bioconductor3мин
The Bioconductor Website9мин
Useful Online Resources5мин
R Base Types18мин
GRanges - Overview4мин
IRanges - Basic Usage12мин
GenomicRanges - GRanges8мин
GenomicRanges - Basic GRanges Usage8мин
GenomicRanges - seqinfo6мин
AnnotationHub8мин
Usecase: AnnotationHub and GRanges, part 112мин
Usecase: AnnotationHub and GRanges, part 213мин
3 материала для самостоятельного изучения
Welcome10мин
Syllabus10мин
Pre Course Survey10мин
1 практическое упражнение
Quiz 120мин
Неделя
2Week Two
In this week we will learn how to represent and compute on biological sequences, both at the whole-genome level and at the level of millions of short reads.
8 видео (всего 81 мин.), 1 тест
8 видео
Biostrings7мин
BSgenome6мин
Biostrings - Matching6мин
BSgenome - Views9мин
GenomicRanges - Rle12мин
GenomicRanges - Lists6мин
GenomicFeatures18мин
rtracklayer - Data Import14мин
1 практическое упражнение
Quiz 220мин
Неделя
3Week Three
In this week we will cover Basic Data Types, ExpressionSet, biomaRt, and R S4.
9 видео (всего 79 мин.), 1 тест
9 видео
Basic Data Types4мин
Annotation Overview4мин
ExpressionSet Overview4мин
ExpressionSet9мин
SummarizedExperiment7мин
GEOquery6мин
biomaRt13мин
R S4 Classes16мин
R S4 Methods10мин
1 практическое упражнение
Quiz 320мин
Неделя
4Week Four
In this week, we will cover Getting data in Bioconductor, Rsamtools, oligo, limma, and minfi
7 видео (всего 81 мин.), 1 материал для самостоятельного изучения, 1 тест
7 видео
Short Read4мин
Rsamtools12мин
oligo14мин
limma16мин
minfi11мин
Count-based RNA-seq analysis15мин
1 материал для самостоятельного изучения
Post Course Survey10мин
1 практическое упражнение
Quiz 420мин
4.0
Рецензии: 33Лучшие рецензии
автор: MA•Mar 12th 2016
Excellent introduction to Bioconductor. Thanks to the team. However, absence of inputs from TA or Instructor was felt in the discussion.
автор: AB•Apr 12th 2018
Amazing course, motivated me to use bio conductor for descriptive seq studies of DNA.
Преподаватель
Kasper Daniel Hansen, PhD
Assistant Professor, Biostatistics and Genetic MedicineBloomberg School of Public Health
О Johns Hopkins University
The mission of The Johns Hopkins University is to educate its students and cultivate their capacity for life-long learning, to foster independent and original research, and to bring the benefits of discovery to the world.
О специализации ''Genomic Data Science'
This specialization covers the concepts and tools to understand, analyze, and interpret data from next generation sequencing experiments. It teaches the most common tools used in genomic data science including how to use the command line, Python, R, Bioconductor, and Galaxy. The sequence is a stand alone introduction to genomic data science or a perfect compliment to a primary degree or postdoc in biology, molecular biology, or genetics.
To audit Genomic Data Science courses for free, visit https://www.coursera.org/jhu, click the course, click Enroll, and select Audit.
Часто задаваемые вопросы
Когда я получу доступ к лекциям и заданиям?
Зарегистрировавшись на сертификацию, вы получите доступ ко всем видео, тестам и заданиям по программированию (если они предусмотрены). Задания по взаимной оценке сокурсниками можно сдавать и проверять только после начала сессии. Если вы проходите курс без оплаты, некоторые задания могут быть недоступны.
Что я получу, оформив подписку на специализацию?
Записавшись на курс, вы получите доступ ко всем курсам в специализации, а также возможность получить сертификат о его прохождении. После успешного прохождения курса на странице ваших достижений появится электронный сертификат. Оттуда его можно распечатать или прикрепить к профилю LinkedIn. Просто ознакомиться с содержанием курса можно бесплатно.
Какие правила возврата средств?
Можно ли получить финансовую помощь?
Остались вопросы? Посетите Центр поддержки учащихся.
Coursera делает лучшее в мире образование доступным каждому, предлагая онлайн-курсы от ведущих университетов и организаций.
© Coursera Inc., 2018 Все права защищены.
