Introduces to the commands that you need to manage and analyze directories, files, and large sets of genomic data. This is the fourth course in the Genomic Big Data Science Specialization from Johns Hopkins University.
Этот курс входит в специализацию ''Специализация Genomic Data Science'
Command Line Tools for Genomic Data Science
от партнера
Программа курса: что вы изучите
Неделя
1Basic Unix Commands
In this module, you will be introduced to command Line Tools for Genomic Data Science
12 видео ((всего 105 мин.)), 5 материалов для самостоятельного изучения, 2 тестов
12 видео
Basic Unix Commands 2: Files, Directories, Paths7мин
Basic Unix Commands 3: File Naming4мин
Basic Unix Commands 4: Content Creation9мин
Basic Unix Commands 5: Accessing Content I6мин
Basic Unix Commands 6: Accessing Content II4мин
Basic Unix Commands 7: Redirecting Content6мин
Basic Unix Commands 8: Querying Content15мин
Basic Unix Commands 9: Comparing Content11мин
Basic Unix Commands 10: Archiving Content13мин
Basic Unix Commands 11: Practical Exercises I13мин
Basic Unix Commands 12: Practical Exercises II9мин
5 материала для самостоятельного изучения
Welcome Message10мин
Syllabus10мин
VMBox Download & Instructions10мин
Pre-Course Survey10мин
Module 1 Exam Instructions **IMPORTANT**10мин
2 практического упражнения
Module 1 Quiz20мин
Module 1 Exam34мин
Неделя
2Week Two
In this module, we'll be taking a look at Sequences and Genomic Features in a sequence of 10 presentations.
11 видео ((всего 127 мин.)), 1 материал для самостоятельного изучения, 2 тестов
11 видео
Sequences and Genomic Features 2: Sequence Representation and Generation11мин
Sequences and Genomic Features 3: Annotation14мин
Sequences and Genomic Features 4.1: Alignment I13мин
Sequences and Genomic Features 4.2: Alignment II9мин
Sequences and Genomic Features 5: Recreating Sequences & Features12мин
Sequences and Genomic Features 6: Genomic Feature Retrieval5мин
Sequences and Genomic Features 7: SAMtools I11мин
Sequences and Genomic Features 8: SAMtools II9мин
Sequences and Genomic Features 9: BEDtools I15мин
Sequences and Genomic Features 10: BEDtools II15мин
1 материал для самостоятельного изучения
Module 2 Exam Instructions **IMPORTANT**10мин
2 практического упражнения
Module 2 Quiz20мин
Module 2 Exam40мин
Неделя
3Week Three
In this module, we'll be going over Alignment and Sequence Variation in another sequence of 8 presentations.
8 видео ((всего 55 мин.)), 1 материал для самостоятельного изучения, 2 тестов
8 видео
Alignment & Sequence Variation 2: Alignment & Variant Detection Tools5мин
Alignment & Sequence Variation 3: VCF11мин
Alignment & Sequence Variation 4: Bowtie9мин
Alignment & Sequence Variation 5: BWA 4мин
Alignment & Sequence Variation 6: SAMtools (mpileup)6мин
Alignment & Sequence Variation 7: BCFtools8мин
Alignment & Sequence Variation 8: Variant Calling5мин
1 материал для самостоятельного изучения
Module 3 Exam Instructions **IMPORTANT**10мин
2 практического упражнения
Module 3 Quiz20мин
Module 3 Exam48мин
Неделя
4Week Four
In this module, we'll be going over Tools for Transcriptomics in a sequence of 6 presentations.
8 видео ((всего 75 мин.)), 2 материалов для самостоятельного изучения, 2 тестов
8 видео
Tools for Transcriptomics 2: RNA-seq7мин
Tools for Transcriptomics 3.1: Tophat I9мин
Tools for Transcriptomics 3.2: Tophat II 8мин
Tools for Transcriptomics 4: Cufflinks10мин
Tools for Transcriptomics 5: Cuffdiff16мин
Tools for Transcriptomics 6.1: Integrated Genomics Viewer I8мин
Tools for Transcriptomics 6.2: Integrated Genomics Viewer II 6мин
2 материала для самостоятельного изучения
Module 4 Exam Instructions **IMPORTANT**10мин
Post-Course Survey10мин
2 практического упражнения
Module 4 Quiz20мин
Module 4 Exam10мин
4.2
Рецензии: 6733%
начал новую карьеру, пройдя эти курсы
83%
получил значимые преимущества в карьере благодаря этому курсу
Лучшие рецензии
автор: JJ•Jun 23rd 2018
Thank you very much Dr./Professor, Liliana Florea. I've learned a lot. It's a very good opportunity to improve my knowledge. This means a lot to me.
автор: GV•Mar 14th 2016
Very informative course. Because I am new to this, it was at times confusing. But overall, great teaching and great experience. Thank you.
Преподаватель
Liliana Florea, PhD
Assistant ProfessorMcKusick-Nathans Institute of Genetic Medicine
О Johns Hopkins University
The mission of The Johns Hopkins University is to educate its students and cultivate their capacity for life-long learning, to foster independent and original research, and to bring the benefits of discovery to the world.
О специализации ''Genomic Data Science'
This specialization covers the concepts and tools to understand, analyze, and interpret data from next generation sequencing experiments. It teaches the most common tools used in genomic data science including how to use the command line, Python, R, Bioconductor, and Galaxy. The sequence is a stand alone introduction to genomic data science or a perfect compliment to a primary degree or postdoc in biology, molecular biology, or genetics.
To audit Genomic Data Science courses for free, visit https://www.coursera.org/jhu, click the course, click Enroll, and select Audit.
Часто задаваемые вопросы
Когда я получу доступ к лекциям и заданиям?
Зарегистрировавшись на сертификацию, вы получите доступ ко всем видео, тестам и заданиям по программированию (если они предусмотрены). Задания по взаимной оценке сокурсниками можно сдавать и проверять только после начала сессии. Если вы проходите курс без оплаты, некоторые задания могут быть недоступны.
Что я получу, оформив подписку на специализацию?
Записавшись на курс, вы получите доступ ко всем курсам в специализации, а также возможность получить сертификат о его прохождении. После успешного прохождения курса на странице ваших достижений появится электронный сертификат. Оттуда его можно распечатать или прикрепить к профилю LinkedIn. Просто ознакомиться с содержанием курса можно бесплатно.
Какие правила возврата средств?
Можно ли получить финансовую помощь?
Остались вопросы? Посетите Центр поддержки учащихся.
Coursera делает лучшее в мире образование доступным каждому, предлагая онлайн-курсы от ведущих университетов и организаций.
© Coursera Inc., 2018 Все права защищены.
