Introduces to the commands that you need to manage and analyze directories, files, and large sets of genomic data. This is the fourth course in the Genomic Big Data Science Specialization from Johns Hopkins University.
Этот курс входит в специализацию ''Специализация Наука о геномных данных'
Консольные утилиты для науки о геномных данных
от партнера
Об этом курсе
Недавно просмотрено: 41,954
Учащиеся, которые проходят продукт ''Course'
- Biologists
- Biostatisticians
- Scientists
- Researchers
- Data Scientists
Приобретаемые навыки
BioinformaticsSamtoolsUnixCommand-Line Interface
Программа курса: что вы изучите
Неделя
13 ч. на завершение
Basic Unix Commands
In this module, you will be introduced to command Line Tools for Genomic Data Science
12 видео ((всего 105 мин.)), 5 материалов для самостоятельного изучения, 2 тестов
12 видео
Basic Unix Commands 2: Files, Directories, Paths7мин
Basic Unix Commands 3: File Naming4мин
Basic Unix Commands 4: Content Creation9мин
Basic Unix Commands 5: Accessing Content I6мин
Basic Unix Commands 6: Accessing Content II4мин
Basic Unix Commands 7: Redirecting Content6мин
Basic Unix Commands 8: Querying Content15мин
Basic Unix Commands 9: Comparing Content11мин
Basic Unix Commands 10: Archiving Content13мин
Basic Unix Commands 11: Practical Exercises I13мин
Basic Unix Commands 12: Practical Exercises II9мин
5 материала для самостоятельного изучения
Welcome Message10мин
Syllabus10мин
VMBox Download & Instructions10мин
Pre-Course Survey10мин
Module 1 Exam Instructions **IMPORTANT**10мин
2 практического упражнения
Module 1 Quiz20мин
Module 1 Exam34мин
Неделя
23 ч. на завершение
Week Two
In this module, we'll be taking a look at Sequences and Genomic Features in a sequence of 10 presentations.
11 видео ((всего 127 мин.)), 1 материал для самостоятельного изучения, 2 тестов
11 видео
Sequences and Genomic Features 2: Sequence Representation and Generation11мин
Sequences and Genomic Features 3: Annotation14мин
Sequences and Genomic Features 4.1: Alignment I13мин
Sequences and Genomic Features 4.2: Alignment II9мин
Sequences and Genomic Features 5: Recreating Sequences & Features12мин
Sequences and Genomic Features 6: Genomic Feature Retrieval5мин
Sequences and Genomic Features 7: SAMtools I11мин
Sequences and Genomic Features 8: SAMtools II9мин
Sequences and Genomic Features 9: BEDtools I15мин
Sequences and Genomic Features 10: BEDtools II15мин
1 материал для самостоятельного изучения
Module 2 Exam Instructions **IMPORTANT**10мин
2 практического упражнения
Module 2 Quiz20мин
Module 2 Exam40мин
Неделя
32 ч. на завершение
Week Three
In this module, we'll be going over Alignment and Sequence Variation in another sequence of 8 presentations.
8 видео ((всего 55 мин.)), 1 материал для самостоятельного изучения, 2 тестов
8 видео
Alignment & Sequence Variation 2: Alignment & Variant Detection Tools5мин
Alignment & Sequence Variation 3: VCF11мин
Alignment & Sequence Variation 4: Bowtie9мин
Alignment & Sequence Variation 5: BWA 4мин
Alignment & Sequence Variation 6: SAMtools (mpileup)6мин
Alignment & Sequence Variation 7: BCFtools8мин
Alignment & Sequence Variation 8: Variant Calling5мин
1 материал для самостоятельного изучения
Module 3 Exam Instructions **IMPORTANT**10мин
2 практического упражнения
Module 3 Quiz20мин
Module 3 Exam48мин
Неделя
43 ч. на завершение
Week Four
In this module, we'll be going over Tools for Transcriptomics in a sequence of 6 presentations.
8 видео ((всего 75 мин.)), 2 материалов для самостоятельного изучения, 2 тестов
8 видео
Tools for Transcriptomics 2: RNA-seq7мин
Tools for Transcriptomics 3.1: Tophat I9мин
Tools for Transcriptomics 3.2: Tophat II 8мин
Tools for Transcriptomics 4: Cufflinks10мин
Tools for Transcriptomics 5: Cuffdiff16мин
Tools for Transcriptomics 6.1: Integrated Genomics Viewer I8мин
Tools for Transcriptomics 6.2: Integrated Genomics Viewer II 6мин
2 материала для самостоятельного изучения
Module 4 Exam Instructions **IMPORTANT**10мин
Post-Course Survey10мин
2 практического упражнения
Module 4 Quiz20мин
Module 4 Exam1ч 10мин
4.2
Рецензии: 8450%
начал новую карьеру, пройдя эти курсы
43%
получил значимые преимущества в карьере благодаря этому курсу
20%
стал больше зарабатывать или получил повышение
Лучшие отзывы о курсе Консольные утилиты для науки о геномных данных
Thank you very much Dr./Professor, Liliana Florea. I've learned a lot. It's a very good opportunity to improve my knowledge. This means a lot to me.
Very informative course. Because I am new to this, it was at times confusing. But overall, great teaching and great experience. Thank you.
Преподаватели
Liliana Florea, PhD
Assistant ProfessorMcKusick-Nathans Institute of Genetic Medicine
О Университет Джонса Хопкинса
The mission of The Johns Hopkins University is to educate its students and cultivate their capacity for life-long learning, to foster independent and original research, and to bring the benefits of discovery to the world.
Специализация Наука о геномных данных: общие сведения
With genomics sparks a revolution in medical discoveries, it becomes imperative to be able to better understand the genome, and be able to leverage the data and information from genomic datasets. Genomic Data Science is the field that applies statistics and data science to the genome.
This Specialization covers the concepts and tools to understand, analyze, and interpret data from next generation sequencing experiments. It teaches the most common tools used in genomic data science including how to use the command line, along with a variety of software implementation tools like Python, R, Bioconductor, and Galaxy.
This Specialization is designed to serve as both a standalone introduction to genomic data science or as a perfect compliment to a primary degree or postdoc in biology, molecular biology, or genetics, for scientists in these fields seeking to gain familiarity in data science and statistical tools to better interact with the data in their everyday work.
To audit Genomic Data Science courses for free, visit https://www.coursera.org/jhu, click the course, click Enroll, and select Audit. Please note that you will not receive a Certificate of Completion if you choose to Audit.
Часто задаваемые вопросы
Когда я получу доступ к лекциям и заданиям?
Зарегистрировавшись на сертификацию, вы получите доступ ко всем видео, тестам и заданиям по программированию (если они предусмотрены). Задания по взаимной оценке сокурсниками можно сдавать и проверять только после начала сессии. Если вы проходите курс без оплаты, некоторые задания могут быть недоступны.
Что я получу, оформив подписку на специализацию?
Записавшись на курс, вы получите доступ ко всем курсам в специализации, а также возможность получить сертификат о его прохождении. После успешного прохождения курса на странице ваших достижений появится электронный сертификат. Оттуда его можно распечатать или прикрепить к профилю LinkedIn. Просто ознакомиться с содержанием курса можно бесплатно.
Какие правила возврата средств?
Можно ли получить финансовую помощь?
Остались вопросы? Посетите Центр поддержки учащихся.