Об этом курсе: Introduces to the commands that you need to manage and analyze directories, files, and large sets of genomic data. This is the fourth course in the Genomic Big Data Science Specialization from Johns Hopkins University.
Автор: Johns Hopkins University
Преподаватели: Liliana Florea, PhD, Assistant Professor
McKusick-Nathans Institute of Genetic Medicine
| Основные сведения | Курс 5 из 8 — Genomic Data Science Specialization |
| Язык | English |
| Как пройти курс | Чтобы пройти курс, выполните все оцениваемые задания. |
| Оценки пользователей |
Программа курса
НЕДЕЛЯ 1
Basic Unix Commands
In this module, you will be introduced to command Line Tools for Genomic Data Science
12 видео, 5 материала для самостоятельного изучения
- Lecture: Welcome Message
- Lecture: Syllabus
- Lecture: VMBox Download & Instructions
- Lecture: Pre-Course Survey
- Видео: Basic Unix Commands 2: Files, Directories, Paths
- Видео: Basic Unix Commands 3: File Naming
- Видео: Basic Unix Commands 4: Content Creation
- Видео: Basic Unix Commands 5: Accessing Content I
- Видео: Basic Unix Commands 6: Accessing Content II
- Видео: Basic Unix Commands 7: Redirecting Content
- Видео: Basic Unix Commands 8: Querying Content
- Видео: Basic Unix Commands 9: Comparing Content
- Видео: Basic Unix Commands 10: Archiving Content
- Видео: Basic Unix Commands 11: Practical Exercises I
- Видео: Basic Unix Commands 12: Practical Exercises II
- Lecture: Module 1 Exam Instructions **IMPORTANT**
Оцениваемый: Module 1 Quiz
Оцениваемый: Module 1 Exam
НЕДЕЛЯ 2
Week Two
In this module, we'll be taking a look at Sequences and Genomic Features in a sequence of 10 presentations.
11 видео, 1 материал для самостоятельного изучения
- Видео: Sequences and Genomic Features 2: Sequence Representation and Generation
- Видео: Sequences and Genomic Features 3: Annotation
- Видео: Sequences and Genomic Features 4.1: Alignment I
- Видео: Sequences and Genomic Features 4.2: Alignment II
- Видео: Sequences and Genomic Features 5: Recreating Sequences & Features
- Видео: Sequences and Genomic Features 6: Genomic Feature Retrieval
- Видео: Sequences and Genomic Features 7: SAMtools I
- Видео: Sequences and Genomic Features 8: SAMtools II
- Видео: Sequences and Genomic Features 9: BEDtools I
- Видео: Sequences and Genomic Features 10: BEDtools II
- Lecture: Module 2 Exam Instructions **IMPORTANT**
Оцениваемый: Module 2 Quiz
Оцениваемый: Module 2 Exam
НЕДЕЛЯ 3
Week Three
In this module, we'll be going over Alignment and Sequence Variation in another sequence of 8 presentations.
8 видео, 1 материал для самостоятельного изучения
- Видео: Alignment & Sequence Variation 2: Alignment & Variant Detection Tools
- Видео: Alignment & Sequence Variation 3: VCF
- Видео: Alignment & Sequence Variation 4: Bowtie
- Видео: Alignment & Sequence Variation 5: BWA
- Видео: Alignment & Sequence Variation 6: SAMtools (mpileup)
- Видео: Alignment & Sequence Variation 7: BCFtools
- Видео: Alignment & Sequence Variation 8: Variant Calling
- Lecture: Module 3 Exam Instructions **IMPORTANT**
Оцениваемый: Module 3 Quiz
Оцениваемый: Module 3 Exam
НЕДЕЛЯ 4
Week Four
In this module, we'll be going over Tools for Transcriptomics in a sequence of 6 presentations.
8 видео, 2 материала для самостоятельного изучения
- Видео: Tools for Transcriptomics 2: RNA-seq
- Видео: Tools for Transcriptomics 3.1: Tophat I
- Видео: Tools for Transcriptomics 3.2: Tophat II
- Видео: Tools for Transcriptomics 4: Cufflinks
- Видео: Tools for Transcriptomics 5: Cuffdiff
- Видео: Tools for Transcriptomics 6.1: Integrated Genomics Viewer I
- Видео: Tools for Transcriptomics 6.2: Integrated Genomics Viewer II
- Lecture: Module 4 Exam Instructions **IMPORTANT**
- Lecture: Post-Course Survey
Оцениваемый: Module 4 Quiz
Оцениваемый: Module 4 Exam
Часто задаваемые вопросы
Как это работает
Travail en cours
Chaque cours fonctionne comme un manuel interactif en proposant des vidéos préenregistrées, des quiz et des projets.
Aide de la part de vos pairs
Connectez-vous à des milliers d'autres étudiants et débattez sur des idées, discutez le contenu du cours et obtenez de l'aide pour en maîtriser les concepts.
Certificats
Obtenez une reconnaissance officielle pour votre travail et partagez votre réussite avec vos amis, vos collègues et vos employeurs.
Авторы
Johns Hopkins University
The mission of The Johns Hopkins University is to educate its students and cultivate their capacity for life-long learning, to foster independent and original research, and to bring the benefits of discovery to the world.
Стоимость
| Приобрести курс | |
|---|---|
| Получить доступ к материалам курса | Доступен |
| Получить доступ к оцениваемым материалам курса | Доступен |
| Получить итоговую оценку | Доступен |
| Получите сертификат о прохождении курса, ссылкой на который можно делиться с другими людьми | Доступен |
Рейтинги и отзывы
Great resource to learn unix codes and prepare your self for analysing genomic data
Thank you very much Dr./Professor, Liliana Florea. I've learned a lot. It's a very good opportunity to improve my knowledge. This means a lot to me.
The speaker's accent and inaccurate subtitles sometimes make it difficult for me to understand.
Coursera делает лучшее в мире образование доступным каждому, предлагая онлайн-курсы от ведущих университетов и организаций.
© Coursera Inc., 2018 Все права защищены.
MG
There could be more resources provided and the lecture at the beginning of module 4 should be placed at the beginning of the course. Because the overview of molecular biology serves as background for the entire course.