We will learn computational methods -- algorithms and data structures -- for analyzing DNA sequencing data. We will learn a little about DNA, genomics, and how DNA sequencing is used. We will use Python to implement key algorithms and data structures and to analyze real genomes and DNA sequencing datasets.
Этот курс входит в специализацию ''Специализация Наука о геномных данных'
от партнера
Специализация Наука о геномных данныхУниверситет Джонса ХопкинсаОб этом курсе
Недавно просмотрено: 40,208
Карьерные результаты учащихся
43%
начал новую карьеру, пройдя эти курсы
33%
получил значимые преимущества в карьере благодаря этому курсу
Сертификат, ссылками на который можно делиться с другими людьми
Получите сертификат по завершении
100% онлайн
Начните сейчас и учитесь по собственному графику.
Курс 4 из 8 в программе
Гибкие сроки
Назначьте сроки сдачи в соответствии со своим графиком.
Прибл. 12 часов на выполнение
Английский
Субтитры: Арабский, Французский, Португальский (Европа), Китайский (упрощенное письмо), Итальянский, Вьетнамский, Корейский, Немецкий, Русский, Турецкий, Английский, Испанский
Приобретаемые навыки
Bioinformatics AlgorithmsAlgorithmsPython ProgrammingAlgorithms On Strings
Карьерные результаты учащихся
43%
начал новую карьеру, пройдя эти курсы
33%
получил значимые преимущества в карьере благодаря этому курсу
Сертификат, ссылками на который можно делиться с другими людьми
Получите сертификат по завершении
100% онлайн
Начните сейчас и учитесь по собственному графику.
Курс 4 из 8 в программе
Гибкие сроки
Назначьте сроки сдачи в соответствии со своим графиком.
Прибл. 12 часов на выполнение
Английский
Субтитры: Арабский, Французский, Португальский (Европа), Китайский (упрощенное письмо), Итальянский, Вьетнамский, Корейский, Немецкий, Русский, Турецкий, Английский, Испанский
от партнера
Университет Джонса Хопкинса
The mission of The Johns Hopkins University is to educate its students and cultivate their capacity for life-long learning, to foster independent and original research, and to bring the benefits of discovery to the world.
Программа курса: что вы изучите
4 ч. на завершение
DNA sequencing, strings and matching
This module we begin our exploration of algorithms for analyzing DNA sequencing data. We'll discuss DNA sequencing technology, its past and present, and how it works.
4 ч. на завершение
19 видео ((всего 112 мин.)), 7 материалов для самостоятельного изучения, 2 тестов
19 видео
Lecture: Why study this?4мин
Lecture: DNA sequencing past and present3мин
Lecture: Genomes as strings, reads as substrings5мин
Lecture: String definitions and Python examples3мин
Practical: String basics 7мин
Practical: Manipulating DNA strings 7мин
Practical: Downloading and parsing a genome 6мин
Lecture: How DNA gets copied3мин
Optional lecture: How second-generation sequencers work 7мин
Optional lecture: Sequencing errors and base qualities 6мин
Lecture: Sequencing reads in FASTQ format4мин
Practical: Working with sequencing reads 11мин
Practical: Analyzing reads by position 6мин
Lecture: Sequencers give pieces to genomic puzzles5мин
Lecture: Read alignment and why it's hard3мин
Lecture: Naive exact matching10мин
Practical: Matching artificial reads 6мин
Practical: Matching real reads 7мин
7 материалов для самостоятельного изучения
Welcome to Algorithms for DNA Sequencing10мин
Pre Course Survey10мин
Syllabus10мин
Setting up Python (and Jupyter)10мин
Getting slides and notebooks10мин
Using data files with Python programs10мин
Programming Homework 1 Instructions (Read First)10мин
2 практических упражнения
Module 130мин
Programming Homework 130мин
3 ч. на завершение
Preprocessing, indexing and approximate matching
In this module, we learn useful and flexible new algorithms for solving the exact and approximate matching problems. We'll start by learning Boyer-Moore, a fast and very widely used algorithm for exact matching
3 ч. на завершение
15 видео ((всего 114 мин.)), 1 материал для самостоятельного изучения, 2 тестов
15 видео
Week 2 Introduction 1мин
Lecture: Boyer-Moore basics8мин
Lecture: Boyer-Moore: putting it all together6мин
Lecture: Diversion: Repetitive elements5мин
Practical: Implementing Boyer-Moore 10мин
Lecture: Preprocessing7мин
Lecture: Indexing and the k-mer index10мин
Lecture: Ordered structures for indexing8мин
Lecture: Hash tables for indexing7мин
Practical: Implementing a k-mer index 7мин
Lecture: Variations on k-mer indexes9мин
Lecture: Genome indexes used in research9мин
Lecture: Approximate matching, Hamming and edit distance6мин
Lecture: Pigeonhole principle6мин
Practical: Implementing the pigeonhole principle 9мин
1 материал для самостоятельного изучения
Programming Homework 2 Instructions (Read First)10мин
2 практических упражнения
Module 230мин
Programming Homework 230мин
3 ч. на завершение
Edit distance, assembly, overlaps
This week we finish our discussion of read alignment by learning about algorithms that solve both the edit distance problem and related biosequence analysis problems, like global and local alignment.
3 ч. на завершение
13 видео ((всего 92 мин.)), 1 материал для самостоятельного изучения, 2 тестов
13 видео
Lecture: Solving the edit distance problem12мин
Lecture: Using dynamic programming for edit distance12мин
Practical: Implementing dynamic programming for edit distance 6мин
Lecture: A new solution to approximate matching9мин
Lecture: Meet the family: global and local alignment10мин
Practical: Implementing global alignment 8мин
Lecture: Read alignment in the field4мин
Lecture: Assembly: working from scratch2мин
Lecture: First and second laws of assembly8мин
Lecture: Overlap graphs8мин
Practical: Overlaps between pairs of reads 4мин
Practical: Finding and representing all overlaps 3мин
1 материал для самостоятельного изучения
Programming Homework 3 Instructions (Read First)10мин
2 практических упражнения
Module 330мин
Programming Homework 330мин
3 ч. на завершение
Algorithms for assembly
In the last module we began our discussion of the assembly problem and we saw a couple basic principles behind it. In this module, we'll learn a few ways to solve the alignment problem.
3 ч. на завершение
13 видео ((всего 83 мин.)), 1 материал для самостоятельного изучения, 2 тестов
13 видео
Lecture: The shortest common superstring problem8мин
Practical: Implementing shortest common superstring 4мин
Lecture: Greedy shortest common superstring7мин
Practical: Implementing greedy shortest common superstring 7мин
Lecture: Third law of assembly: repeats are bad5мин
Lecture: De Bruijn graphs and Eulerian walks8мин
Practical: Building a De Bruijn graph 4мин
Lecture: When Eulerian walks go wrong9мин
Lecture: Assemblers in practice8мин
Lecture: The future is long?9мин
Lecture: Computer science and life science5мин
Lecture: Thank yous 43
1 материал для самостоятельного изучения
Post Course Survey10мин
2 практических упражнения
Programming Homework 430мин
Module 430мин
Рецензии
Лучшие отзывы о курсе АЛГОРИТМЫ ДЛЯ СЕКВЕНИРОВАНИЯ ДНК
от партнера VK7 авг. 2017 г.
This course provided me a very quick overview of all the core concepts pertaining to DNA sequencing. It is very well organized, crystal clear demonstration of concepts and I really enjoyed the course.
от партнера KP18 мая 2020 г.
Very good course this is. Just a little advice, please make the quiz questions more clear and more specific because one shouldn't waste time to understand a question which is very easy to implement.
от партнера MY9 окт. 2020 г.
One of the most useful courses I have joined. Many thanks to the instructors for these quality lectures and for the time spent to deliver the information as easily as possible!
от партнера JD30 дек. 2020 г.
Highly eloquent instructors that make intricate concepts accessible and fun to learn. Would definitely help if you have some programming or bioinformatics background beforehand.
Специализация Наука о геномных данных: общие сведения
With genomics sparks a revolution in medical discoveries, it becomes imperative to be able to better understand the genome, and be able to leverage the data and information from genomic datasets. Genomic Data Science is the field that applies statistics and data science to the genome.
Часто задаваемые вопросы
Когда я получу доступ к лекциям и заданиям?
Что я получу, оформив подписку на специализацию?
Is financial aid available?
Получу ли я зачеты в университете за прохождение курса?
Остались вопросы? Посетите Центр поддержки учащихся.
