Об этом курсе

Недавно просмотрено: 80,603

Карьерные результаты учащихся

43%

начал новую карьеру, пройдя эти курсы

33%

получил значимые преимущества в карьере благодаря этому курсу
Сертификат, ссылками на который можно делиться с другими людьми
Получите сертификат по завершении
100% онлайн
Начните сейчас и учитесь по собственному графику.
Гибкие сроки
Назначьте сроки сдачи в соответствии со своим графиком.
Прибл. 10 часов на выполнение
Английский
Субтитры: Английский

Приобретаемые навыки

Bioinformatics AlgorithmsAlgorithmsPython ProgrammingAlgorithms On Strings

Карьерные результаты учащихся

43%

начал новую карьеру, пройдя эти курсы

33%

получил значимые преимущества в карьере благодаря этому курсу
Сертификат, ссылками на который можно делиться с другими людьми
Получите сертификат по завершении
100% онлайн
Начните сейчас и учитесь по собственному графику.
Гибкие сроки
Назначьте сроки сдачи в соответствии со своим графиком.
Прибл. 10 часов на выполнение
Английский
Субтитры: Английский

от партнера

Логотип Университет Джонса Хопкинса

Университет Джонса Хопкинса

Программа курса: что вы изучите

Оценка контентаThumbs Up97%(3,050 оценки)Info
Неделя
1

Неделя 1

4 ч. на завершение

DNA sequencing, strings and matching

4 ч. на завершение
19 видео ((всего 112 мин.)), 7 материалов для самостоятельного изучения, 2 тестов
19 видео
Lecture: Why study this?4мин
Lecture: DNA sequencing past and present3мин
Lecture: Genomes as strings, reads as substrings5мин
Lecture: String definitions and Python examples3мин
Practical: String basics 7мин
Practical: Manipulating DNA strings 7мин
Practical: Downloading and parsing a genome 6мин
Lecture: How DNA gets copied3мин
Optional lecture: How second-generation sequencers work 7мин
Optional lecture: Sequencing errors and base qualities 6мин
Lecture: Sequencing reads in FASTQ format4мин
Practical: Working with sequencing reads 11мин
Practical: Analyzing reads by position 6мин
Lecture: Sequencers give pieces to genomic puzzles5мин
Lecture: Read alignment and why it's hard3мин
Lecture: Naive exact matching10мин
Practical: Matching artificial reads 6мин
Practical: Matching real reads 7мин
7 материалов для самостоятельного изучения
Welcome to Algorithms for DNA Sequencing10мин
Pre Course Survey10мин
Syllabus10мин
Setting up Python (and Jupyter)10мин
Getting slides and notebooks10мин
Using data files with Python programs10мин
Programming Homework 1 Instructions (Read First)10мин
2 практических упражнения
Module 120мин
Programming Homework 114мин
Неделя
2

Неделя 2

3 ч. на завершение

Preprocessing, indexing and approximate matching

3 ч. на завершение
15 видео ((всего 114 мин.)), 1 материал для самостоятельного изучения, 2 тестов
15 видео
Lecture: Boyer-Moore basics8мин
Lecture: Boyer-Moore: putting it all together6мин
Lecture: Diversion: Repetitive elements5мин
Practical: Implementing Boyer-Moore 10мин
Lecture: Preprocessing7мин
Lecture: Indexing and the k-mer index10мин
Lecture: Ordered structures for indexing8мин
Lecture: Hash tables for indexing7мин
Practical: Implementing a k-mer index 7мин
Lecture: Variations on k-mer indexes9мин
Lecture: Genome indexes used in research9мин
Lecture: Approximate matching, Hamming and edit distance6мин
Lecture: Pigeonhole principle6мин
Practical: Implementing the pigeonhole principle 9мин
1 материал для самостоятельного изучения
Programming Homework 2 Instructions (Read First)10мин
2 практических упражнения
Module 220мин
Programming Homework 212мин
Неделя
3

Неделя 3

2 ч. на завершение

Edit distance, assembly, overlaps

2 ч. на завершение
13 видео ((всего 92 мин.)), 1 материал для самостоятельного изучения, 2 тестов
13 видео
Lecture: Solving the edit distance problem12мин
Lecture: Using dynamic programming for edit distance12мин
Practical: Implementing dynamic programming for edit distance 6мин
Lecture: A new solution to approximate matching9мин
Lecture: Meet the family: global and local alignment10мин
Practical: Implementing global alignment 8мин
Lecture: Read alignment in the field4мин
Lecture: Assembly: working from scratch2мин
Lecture: First and second laws of assembly8мин
Lecture: Overlap graphs8мин
Practical: Overlaps between pairs of reads 4мин
Practical: Finding and representing all overlaps 3мин
1 материал для самостоятельного изучения
Programming Homework 3 Instructions (Read First)10мин
2 практических упражнения
Module 320мин
Programming Homework 38мин
Неделя
4

Неделя 4

2 ч. на завершение

Algorithms for assembly

2 ч. на завершение
13 видео ((всего 83 мин.)), 1 материал для самостоятельного изучения, 2 тестов
13 видео
Lecture: The shortest common superstring problem8мин
Practical: Implementing shortest common superstring 4мин
Lecture: Greedy shortest common superstring7мин
Practical: Implementing greedy shortest common superstring 7мин
Lecture: Third law of assembly: repeats are bad5мин
Lecture: De Bruijn graphs and Eulerian walks8мин
Practical: Building a De Bruijn graph 4мин
Lecture: When Eulerian walks go wrong9мин
Lecture: Assemblers in practice8мин
Lecture: The future is long?9мин
Lecture: Computer science and life science5мин
Lecture: Thank yous 43
1 материал для самостоятельного изучения
Post Course Survey10мин
2 практических упражнения
Programming Homework 48мин
Module 414мин

Рецензии

Лучшие отзывы о курсе АЛГОРИТМЫ ДЛЯ СЕКВЕНИРОВАНИЯ ДНК

Посмотреть все отзывы

Специализация Наука о геномных данных: общие сведения

With genomics sparks a revolution in medical discoveries, it becomes imperative to be able to better understand the genome, and be able to leverage the data and information from genomic datasets. Genomic Data Science is the field that applies statistics and data science to the genome. This Specialization covers the concepts and tools to understand, analyze, and interpret data from next generation sequencing experiments. It teaches the most common tools used in genomic data science including how to use the command line, along with a variety of software implementation tools like Python, R, Bioconductor, and Galaxy. This Specialization is designed to serve as both a standalone introduction to genomic data science or as a perfect compliment to a primary degree or postdoc in biology, molecular biology, or genetics, for scientists in these fields seeking to gain familiarity in data science and statistical tools to better interact with the data in their everyday work. To audit Genomic Data Science courses for free, visit https://www.coursera.org/jhu, click the course, click Enroll, and select Audit. Please note that you will not receive a Certificate of Completion if you choose to Audit....
Наука о геномных данных

Часто задаваемые вопросы

  • Доступ к лекциям и заданиям предоставляется в зависимости от типа регистрации. Если вы проходите курс в режиме слушателя, то получите бесплатный доступ к большинству материалов курса. Чтобы открыть оцениваемые задания и возможность получить сертификат, необходимо будет приобрести прохождение с сертификатом. Это можно сделать во время прохождения в режиме слушателя или после него. Если вы не видите варианта 'Режим слушателя'.

    • Курс может не предлагаться в режиме слушателя. Попробуйте бесплатную пробную версию или подайте заявку на финансовую помощь.
    • Курс предлагаться в режиме 'Полный курс, без сертификата'. В нем можно просматривать все материалы, выполнять обязательные задания и получить итоговую оценку. Приобрести дополнительно прохождение с сертификатом в таком случае нельзя.
  • Записавшись на курс, вы получите доступ ко всем курсам в специализации, а также возможность получить сертификат о его прохождении. После успешного прохождения курса на странице ваших достижений появится электронный сертификат. Оттуда его можно распечатать или прикрепить к профилю LinkedIn. Просто ознакомиться с содержанием курса можно бесплатно.

  • Когда вы оформите подписку, начнется семидневный бесплатный пробный период, в течение которого подписку можно отменить без штрафа. По истечении этого срока вы не сможете вернуть средства, но сможете отменить подписку в любой момент. Ознакомьтесь с нашей политикой возврата средств.

  • Да, Coursera предоставляет финансовую помощь учащимся, которые не могут оплатить обучение. Чтобы подать заявление, перейдите по ссылке "Финансовая помощь" слева под кнопкой "Зарегистрироваться". Заполните форму заявления. Если его примут, вы получите уведомление. Обратите внимание: этот шаг необходимо выполнить для каждого курса специализации, в том числе для дипломного проекта. Подробнее

  • Этот курс не приравнивается к зачету в университетах, однако некоторые вузы принимают сертификаты на свое усмотрение. Дополнительную информацию уточняйте в своем деканате. Онлайн-дипломы и сертификаты Mastertrack™ от Coursera позволяют получить зачеты.

Остались вопросы? Посетите Центр поддержки учащихся.