Об этом курсе

Недавно просмотрено: 45,983

Карьерные результаты учащихся

43%

начал новую карьеру, пройдя эти курсы

33%

получил значимые преимущества в карьере благодаря этому курсу
Сертификат, ссылками на который можно делиться с другими людьми
Получите сертификат по завершении
100% онлайн
Начните сейчас и учитесь по собственному графику.
Гибкие сроки
Назначьте сроки сдачи в соответствии со своим графиком.
Прибл. 12 часов на выполнение
Английский

Приобретаемые навыки

Bioinformatics AlgorithmsAlgorithmsPython ProgrammingAlgorithms On Strings

Карьерные результаты учащихся

43%

начал новую карьеру, пройдя эти курсы

33%

получил значимые преимущества в карьере благодаря этому курсу
Сертификат, ссылками на который можно делиться с другими людьми
Получите сертификат по завершении
100% онлайн
Начните сейчас и учитесь по собственному графику.
Гибкие сроки
Назначьте сроки сдачи в соответствии со своим графиком.
Прибл. 12 часов на выполнение
Английский

от партнера

Placeholder

Университет Джонса Хопкинса

Программа курса: что вы изучите

Оценка контентаThumbs Up97%(3,270 оценки)Info
Неделя
1

Неделя 1

4 ч. на завершение

DNA sequencing, strings and matching

4 ч. на завершение
19 видео ((всего 112 мин.)), 7 материалов для самостоятельного изучения, 2 тестов
19 видео
Lecture: Why study this?4мин
Lecture: DNA sequencing past and present3мин
Lecture: Genomes as strings, reads as substrings5мин
Lecture: String definitions and Python examples3мин
Practical: String basics 7мин
Practical: Manipulating DNA strings 7мин
Practical: Downloading and parsing a genome 6мин
Lecture: How DNA gets copied3мин
Optional lecture: How second-generation sequencers work 7мин
Optional lecture: Sequencing errors and base qualities 6мин
Lecture: Sequencing reads in FASTQ format4мин
Practical: Working with sequencing reads 11мин
Practical: Analyzing reads by position 6мин
Lecture: Sequencers give pieces to genomic puzzles5мин
Lecture: Read alignment and why it's hard3мин
Lecture: Naive exact matching10мин
Practical: Matching artificial reads 6мин
Practical: Matching real reads 7мин
7 материалов для самостоятельного изучения
Welcome to Algorithms for DNA Sequencing10мин
Pre Course Survey10мин
Syllabus10мин
Setting up Python (and Jupyter)10мин
Getting slides and notebooks10мин
Using data files with Python programs10мин
Programming Homework 1 Instructions (Read First)10мин
2 практических упражнения
Module 130мин
Programming Homework 130мин
Неделя
2

Неделя 2

3 ч. на завершение

Preprocessing, indexing and approximate matching

3 ч. на завершение
15 видео ((всего 114 мин.)), 1 материал для самостоятельного изучения, 2 тестов
15 видео
Lecture: Boyer-Moore basics8мин
Lecture: Boyer-Moore: putting it all together6мин
Lecture: Diversion: Repetitive elements5мин
Practical: Implementing Boyer-Moore 10мин
Lecture: Preprocessing7мин
Lecture: Indexing and the k-mer index10мин
Lecture: Ordered structures for indexing8мин
Lecture: Hash tables for indexing7мин
Practical: Implementing a k-mer index 7мин
Lecture: Variations on k-mer indexes9мин
Lecture: Genome indexes used in research9мин
Lecture: Approximate matching, Hamming and edit distance6мин
Lecture: Pigeonhole principle6мин
Practical: Implementing the pigeonhole principle 9мин
1 материал для самостоятельного изучения
Programming Homework 2 Instructions (Read First)10мин
2 практических упражнения
Module 230мин
Programming Homework 230мин
Неделя
3

Неделя 3

3 ч. на завершение

Edit distance, assembly, overlaps

3 ч. на завершение
13 видео ((всего 92 мин.)), 1 материал для самостоятельного изучения, 2 тестов
13 видео
Lecture: Solving the edit distance problem12мин
Lecture: Using dynamic programming for edit distance12мин
Practical: Implementing dynamic programming for edit distance 6мин
Lecture: A new solution to approximate matching9мин
Lecture: Meet the family: global and local alignment10мин
Practical: Implementing global alignment 8мин
Lecture: Read alignment in the field4мин
Lecture: Assembly: working from scratch2мин
Lecture: First and second laws of assembly8мин
Lecture: Overlap graphs8мин
Practical: Overlaps between pairs of reads 4мин
Practical: Finding and representing all overlaps 3мин
1 материал для самостоятельного изучения
Programming Homework 3 Instructions (Read First)10мин
2 практических упражнения
Module 330мин
Programming Homework 330мин
Неделя
4

Неделя 4

3 ч. на завершение

Algorithms for assembly

3 ч. на завершение
13 видео ((всего 83 мин.)), 1 материал для самостоятельного изучения, 2 тестов
13 видео
Lecture: The shortest common superstring problem8мин
Practical: Implementing shortest common superstring 4мин
Lecture: Greedy shortest common superstring7мин
Practical: Implementing greedy shortest common superstring 7мин
Lecture: Third law of assembly: repeats are bad5мин
Lecture: De Bruijn graphs and Eulerian walks8мин
Practical: Building a De Bruijn graph 4мин
Lecture: When Eulerian walks go wrong9мин
Lecture: Assemblers in practice8мин
Lecture: The future is long?9мин
Lecture: Computer science and life science5мин
Lecture: Thank yous 43
1 материал для самостоятельного изучения
Post Course Survey10мин
2 практических упражнения
Programming Homework 430мин
Module 430мин

Рецензии

Лучшие отзывы о курсе АЛГОРИТМЫ ДЛЯ СЕКВЕНИРОВАНИЯ ДНК

Посмотреть все отзывы

Специализация Наука о геномных данных: общие сведения

Наука о геномных данных

Часто задаваемые вопросы

Остались вопросы? Посетите Центр поддержки учащихся.