Об этом курсе
4.8
Оценки: 162
Рецензии: 34
Специализация

Курс 2 из 7 в программе

100% онлайн

100% онлайн

Начните сейчас и учитесь по собственному графику.
Гибкие сроки

Гибкие сроки

Назначьте сроки сдачи в соответствии со своим графиком.
Начальный уровень

Начальный уровень

Часов на завершение

Прибл. 15 часа на выполнение

Предполагаемая нагрузка: 3 hours/week...
Доступные языки

Английский

Субтитры: Английский, Китайский (упрощенное письмо)

Приобретаемые навыки

AlgorithmsPython ProgrammingWhole Genome SequencingDynamic Programming
Специализация

Курс 2 из 7 в программе

100% онлайн

100% онлайн

Начните сейчас и учитесь по собственному графику.
Гибкие сроки

Гибкие сроки

Назначьте сроки сдачи в соответствии со своим графиком.
Начальный уровень

Начальный уровень

Часов на завершение

Прибл. 15 часа на выполнение

Предполагаемая нагрузка: 3 hours/week...
Доступные языки

Английский

Субтитры: Английский, Китайский (упрощенное письмо)

Программа курса: что вы изучите

Неделя
1
Часов на завершение
4 ч. на завершение

Week 1: Introduction to Genome Sequencing

<p>Welcome to class!</p><p>This course will focus on two questions at the forefront of modern computational biology, along with the algorithmic approaches we will use to solve them in parentheses:</p><ol><li>Weeks 1-2: How Do We Assemble Genomes? (<i>Graph Algorithms</i>)</li><li>How Do We Sequence Antibiotics? (<i>Brute Force Algorithms</i>)</li></ol><p>Each of the two chapters of content in the class is accompanied by a Bioinformatics Cartoon created by talented San Diego artist Randall Christopher and serving as a chapter header in the Specialization's bestselling <a href="http://bioinformaticsalgorithms.com" target="_blank">print companion</a>. You can find the first chapter's cartoon at the bottom of this message. What does a time machine trip to 1735, a stack of newspapers, a jigsaw puzzle, and a giant ant invading a riverside city have to do with putting together a genome? Start learning today to find out!</p><p><img src="https://d396qusza40orc.cloudfront.net/bioinformatics%2Fimages%2Fchapter4_final_lr.jpg" title="Image: https://d396qusza40orc.cloudfront.net/bioinformatics%2Fimages%2Fchapter4_final_lr.jpg" width="528"></p>...
Reading
8 видео ((всего 36 мин.)), 2 материалов для самостоятельного изучения, 3 тестов
Video8 видео
FIELD TRIP!4мин
What Is Genome Sequencing?6мин
Exploding Newspapers4мин
The String Reconstruction Problem3мин
String Reconstruction as a Hamiltonian Path Problem3мин
String Reconstruction as an Eulerian Path Problem5мин
Similar Problems with Different Fates 3мин
Reading2 материала для самостоятельного изучения
Course Details10мин
Week 1 FAQs (Optional)0
Quiz1 практическое упражнение
Week 1 Quiz15мин
Неделя
2
Часов на завершение
3 ч. на завершение

Week 2: Applying Euler's Theorem to Assemble Genomes

<p>Welcome to Week 2 of class!</p> <p>This week in class, we will see how a 300 year-old mathematical theorem will help us assemble a genome from millions of tiny pieces of DNA.</p>...
Reading
5 видео ((всего 28 мин.)), 1 материал для самостоятельного изучения, 3 тестов
Video5 видео
Euler's Theorem 6мин
Assembling Read-Pairs 8мин
De Bruijn Graphs Face Harsh Realities of Assembly 4мин
Returning to Konigsberg 1мин
Reading1 материал для самостоятельного изучения
Week 2 FAQs (Optional)0
Quiz1 практическое упражнение
Week 2 Quiz15мин
Неделя
3
Часов на завершение
4 ч. на завершение

Week 3: Sequencing Antibiotics

<p>Welcome to Week 3 of class!</p> <p>This week, we begin a new chapter, titled "How Do We Sequence Antibiotics?" &nbsp;In this chapter, we will learn&nbsp;how to determine the amino acid sequences making up antibiotics using brute force algorithms.</p> <p>Below is this week's Bioinformatics Cartoon.</p> <p><img src="https://d396qusza40orc.cloudfront.net/bioinformatics%2Fimages%2Fchapter2_final.jpg" title="Image: https://d396qusza40orc.cloudfront.net/bioinformatics%2Fimages%2Fchapter2_final.jpg" width="528"></p>...
Reading
5 видео ((всего 27 мин.)), 1 материал для самостоятельного изучения, 3 тестов
Video5 видео
How Do Bacteria Make Antibiotics? 8мин
Sequencing Antibiotics by Shattering Them into Pieces 4мин
A Brute Force Algorithm for Cyclopeptide Sequencing 3мин
Cyclopeptide Sequencing with Branch and Bound 6мин
Reading1 материал для самостоятельного изучения
Week 3 FAQs (Optional)0
Quiz1 практическое упражнение
Week 3 Quiz15мин
Неделя
4
Часов на завершение
3 ч. на завершение

Week 4: From Ideal to Real Spectra for Antibiotics Sequencing

<p>Welcome to Week 4 of class!</p> <p>Last week, we discussed how to sequence an antibiotic peptide from an ideal spectrum. This week, we will see how to develop more sophisticated algorithms for antibiotic peptide sequencing that are able to handle spectra with many false and missing masses.</p>...
Reading
4 видео ((всего 18 мин.)), 1 материал для самостоятельного изучения, 3 тестов
Video4 видео
From 20 to More than 100 Amino Acids 2мин
The Spectral Convolution Saves the Day 6мин
The Truth About Spectra 2мин
Reading1 материал для самостоятельного изучения
Week 4 FAQs (Optional)0
Quiz1 практическое упражнение
Week 4 Quiz15мин
4.8
Рецензии: 34Chevron Right
Формирование карьерного пути

50%

начал новую карьеру, пройдя эти курсы
Карьерные преимущества

83%

получил значимые преимущества в карьере благодаря этому курсу

Лучшие рецензии

автор: SVJan 10th 2017

Great course to explore a bit of Bioinformatics for those with no background in Bioinformatics. I love the way the content has been provided, its interactivity increases the interest in the course.

автор: MPDec 8th 2017

I like the real-world tasks, especially the assembly on the final exam. Some of the programming tasks, such as the antibiotic noisy spectrum assembly, are challenging (which is good).

Преподавателя

Avatar

Pavel Pevzner

Professor
Department of Computer Science and Engineering
Avatar

Phillip Compeau

Visiting Researcher
Department of Computer Science & Engineering

О University of California San Diego

UC San Diego is an academic powerhouse and economic engine, recognized as one of the top 10 public universities by U.S. News and World Report. Innovation is central to who we are and what we do. Here, students learn that knowledge isn't just acquired in the classroom—life is their laboratory....

О специализации ''Bioinformatics'

Join Us in a Top 50 MOOC of All Time! How do we sequence and compare genomes? How do we identify the genetic basis for disease? How do we construct an evolutionary Tree of Life for all species on Earth? When you complete this Specialization, you will learn how to answer many questions in modern biology that have become inseparable from the computational approaches used to solve them. You will also obtain a toolkit of existing software resources built on these computational approaches and that are used by thousands of biologists every day in one of the fastest growing fields in science. Although this Specialization centers on computational topics, you do not need to know how to program in order to complete it. If you are interested in programming, we feature an "Honors Track" (called "hacker track" in previous runs of the course). The Honors Track allows you to implement the bioinformatics algorithms that you will encounter along the way in dozens of automatically graded coding challenges. By completing the Honors Track, you will be a bioinformatics software professional! Learn more about the Bioinformatics Specialization (including why we are wearing these crazy outfits) by watching our introductory video. You can purchase the Specialization's print companion, Bioinformatics Algorithms: An Active Learning Approach, from the textbook website. Our first course, "Finding Hidden Messages in DNA", was named a top-50 MOOC of all time by Class Central!...
Bioinformatics

Часто задаваемые вопросы

  • Зарегистрировавшись на сертификацию, вы получите доступ ко всем видео, тестам и заданиям по программированию (если они предусмотрены). Задания по взаимной оценке сокурсниками можно сдавать и проверять только после начала сессии. Если вы проходите курс без оплаты, некоторые задания могут быть недоступны.

  • Записавшись на курс, вы получите доступ ко всем курсам в специализации, а также возможность получить сертификат о его прохождении. После успешного прохождения курса на странице ваших достижений появится электронный сертификат. Оттуда его можно распечатать или прикрепить к профилю LinkedIn. Просто ознакомиться с содержанием курса можно бесплатно.

Остались вопросы? Посетите Центр поддержки учащихся.