Об этом курсе
Недавно просмотрено: 6,667

100% онлайн

Начните сейчас и учитесь по собственному графику.

Гибкие сроки

Назначьте сроки сдачи в соответствии со своим графиком.

Прибл. 21 час на выполнение

Предполагаемая нагрузка: 1-2 hours/week...

Английский

Субтитры: Английский

100% онлайн

Начните сейчас и учитесь по собственному графику.

Гибкие сроки

Назначьте сроки сдачи в соответствии со своим графиком.

Прибл. 21 час на выполнение

Предполагаемая нагрузка: 1-2 hours/week...

Английский

Субтитры: Английский

Программа курса: что вы изучите

Неделя
1
2 ч. на завершение

Introduction and History of Bioinformatics

Welcome to “Bioinformatics: Introduction and Methods! Upon completion of this module you will be able to: become familiar with the essential concepts of bioinformatics; explore the history of this young area; experience how rapidly bioinformatics is growing. Our supplementary materials will give you a better understanding of the course lectures through they are not required in quizzes or exams

...
4 видео ((всего 69 мин.)), 2 материалов для самостоятельного изучения, 1 тест
4 видео
History of Bioinformatics30мин
Bioinformatics in Mainland China8мин
About This Course9мин
2 материала для самостоятельного изучения
Readings10мин
Slides10мин
1 практическое упражнение
Introduction and History of Bioinformatics20мин
Неделя
2
2 ч. на завершение

Sequence Alignment

Upon completion of this module, you will be able to: describe dynamic programming based sequence alignment algorithms; differentiate between the Needleman-Wunsch algorithm for global alignment and the Smith-Waterman algorithm for local alignment; examine the principles behind gap penalty and time complexity calculation which is crucial for you to apply current bioinformatic tools in your research; experience the discovery of Smith-Waterman algorithm with Dr. Michael Waterman himself.

...
7 видео ((всего 99 мин.)), 2 материалов для самостоятельного изучения, 1 тест
7 видео
Global Alignment by Dynamic Programming14мин
From Global to Local6мин
Alignment with Affine Gap Penalty and Calculation of Time Complexity of The Needleman-Wunsch Algorithm6мин
Interview with M. S. Waterman Waterman29мин
Supplement on Homology & Similarity, Similarity Matrix and Dot Matrix (English Subtitles)10мин
Student Presentation (English Subtitles)18мин
2 материала для самостоятельного изучения
Readings10мин
Slides10мин
1 практическое упражнение
Sequence Alignment18мин
Неделя
3
1 ч. на завершение

Sequence Database Search

Upon completion of this module, you will be able to: become familiar with sequence databse search and most common databases; explore the algoritm behind BLAST and the evaluation of BLAST results; ajdust BLAST parameters base on your own research project.

...
3 видео ((всего 41 мин.)), 2 материалов для самостоятельного изучения, 1 тест
3 видео
BLAST Algorithm: A Primer13мин
Student Presentation (English Subtitles)15мин
2 материала для самостоятельного изучения
Readings10мин
Slides10мин
1 практическое упражнение
Sequence Database Search10мин
Неделя
4
1 ч. на завершение

Markov Model

Upon completion of this module, you will be able to: recognize state transitions, Markov chain and Markov models; create a hidden Markov model by yourself; make predictuions in a real biological problem with hidden Markov model.

...
4 видео ((всего 47 мин.)), 2 материалов для самостоятельного изучения, 1 тест
4 видео
Hidden Markov Model11мин
Predict with Hidden Markov Model10мин
Student Presentation16мин
2 материала для самостоятельного изучения
Readings10мин
Slides10мин
1 практическое упражнение
Markov Model 14мин
Неделя
5
2 ч. на завершение

Next Generation Sequencing (NGS): Mapping of Reads From Resequencing and Calling of Genetic Variants

Upon completion of this module, you will be able to: describe the features of NGS; associate NGS results you get with the methods for reads mapping and models for variant calling; examine pipelines in NGS data analysis; experience how real NGS data were analyzed using bioinformatic tools. This module is required before entering Module 8.

...
8 видео ((всего 85 мин.)), 2 материалов для самостоятельного изучения, 1 тест
8 видео
Reads Mapping and Variants Calling14мин
Computer Lab: Reads mapping and variant calling (English Subtitles)7мин
Supplement on reads mapping and variant calling (English Subtitles)9мин
Supplement on genotyping (English Subtitles)18мин
A quick tour to sequencer 1 - Ion Torrent PGM (English Subtitles)10мин
A quick tour to sequencer 2 - 3730 Sanger sequencing (English Subtitles)3мин
Student presentation (English Subtitles)9мин
2 материала для самостоятельного изучения
Readings10мин
Slides10мин
1 практическое упражнение
Next Generation Sequencing (NGS)10мин
Неделя
6
2 ч. на завершение

Functional Prediction of Genetic Variants

Upon completion of this module you will able to: describe what is variant prediction and how to carry out variant predictions; associate variant databases with your own research projects after you get a list of variants; recognize different principles behind prediction tools and know how to use tools such as SIFT, Polyphen and SAPRED according to your won scientific problem.

...
6 видео ((всего 92 мин.)), 2 материалов для самостоятельного изучения, 1 тест
6 видео
Variant Databases 10мин
Conservation-Based and Rule-Based Methods: SIFT & PolyPhen17мин
Classifier-Based Methods: SAPRED13мин
Introduction to Support Vector Machine(SVM) (English Subtitles)18мин
Student presentation (English Subtitles)14мин
2 материала для самостоятельного изучения
Readings10мин
Slides10мин
1 практическое упражнение
Functional Prediction of Genetic Variants14мин
Неделя
7
2 ч. на завершение

Mid-term Exam

The description goes here

...
1 тест
1 практическое упражнение
Mid-term Review1ч 40мин
Неделя
8
2 ч. на завершение

Next Generation Sequencing: Transcriptome Analysis, and RNA-Seq

Upon completion of this module, you will be able to: describe how transcriptome data were generated; master the algorithm used in transcriptome analysis; explore how the RNA-seq data were analyzed. This module is required before entering Module 9.

...
5 видео ((всего 67 мин.)), 2 материалов для самостоятельного изучения, 1 тест
5 видео
RNA-Seq: Mapping & Assembling11мин
Computer Lab: RNA-seq Data Analysis RNA-seq (English Subtitles)22мин
Dr. Maynard Olson Talk9мин
Student presentation (English Subtitles)11мин
2 материала для самостоятельного изучения
Readings10мин
Slides10мин
1 практическое упражнение
Next Generation Sequencing: Transcriptome Analysis, and RNA-Seq16мин
Неделя
9
2 ч. на завершение

Prediction and Analysis of Noncoding RNA

Upon completion of this module, you will be able to: Analyze non-coding RNAs from transcriptome data; identify long noncoding RNA (lncRNA) from NGS data and predict their functions.

...
6 видео ((всего 74 мин.)), 2 материалов для самостоятельного изучения, 1 тест
6 видео
Data Mining: Identify long ncRNAs10мин
Data Mining: Differential Expression and Clustering12мин
Feature selection and Clustering (English Subtitles)14мин
A quick tour to sequencer - illumina HiSeq & MiSeq (English Subtitles)13мин
Student Presentation (English Subtitles)10мин
2 материала для самостоятельного изучения
Readings10мин
Slides10мин
1 практическое упражнение
Prediction and Analysis of Noncoding RNA14мин
Неделя
10
2 ч. на завершение

Ontology and Identification of Molecular Pathways

Upon completion of this module, you will be able to: define ontology and gene ontology, explore KEGG pathway databses; examine annotations in Gene Ontology; identify pathways with KOBAS and apply the pipeline to drug addition study.

...
8 видео ((всего 95 мин.)), 2 материалов для самостоятельного изучения, 1 тест
8 видео
KEGG Pathway Database 10мин
Annotations in Gene Ontology 10мин
Pathway Identification 22мин
An Application: Common Molecular Pathways Underlying Addiction7мин
Brief Introduction to Database (English Subtitles)5мин
KOBAS Demo (English Subtitles)7мин
Student presentation on KOBAS (English Subtitles)9мин
2 материала для самостоятельного изучения
Readings10мин
Slides10мин
1 практическое упражнение
Ontology and Identification of Molecular Pathways12мин
Неделя
11
2 ч. на завершение

Bioinformatics Database and Software Resources

Upon completion of this module, you will be able to describe the most important bioinformatic resources including databases and software tools; explore both centralized resources such as NCBI, EBI, UCSC genome browser and lots of individual resources; associate all your bioinformatic problems with certain resources to refer to.

...
6 видео ((всего 71 мин.)), 1 материал для самостоятельного изучения, 1 тест
6 видео
National Center for Biotechnology Information13мин
European Bioinformatics Institute 9мин
UCSC Genome Browser7мин
Individual Resources12мин
CBI Resources Review (English Subtitles)8мин
1 материал для самостоятельного изучения
Slides10мин
1 практическое упражнение
Bioinformatics Database and Software Resources10мин
Неделя
12
2 ч. на завершение

Origination of New Genes

Upon completion of this case study module, you will be able to: experience how to apply bioinformatic data, methods and analyses to study an important problem in evolutionary biology; examine how to detect and study the origination, evolution and function of species-specific new genes; create phylogenetic trees with your own data (not required) with Dr. Manyuan Long, a world-renowned pioneer and expert on new genes from University of Chicago.

...
5 видео ((всего 60 мин.)), 2 материалов для самостоятельного изучения, 1 тест
5 видео
New Gene Evolution Detected by Genomic Computation: A Driver for Human Brain Evolution7мин
A Human-Specific de novo Gene Associated with Addiction8мин
Origination of de novo Genes from Noncoding RNAs11мин
Student Presentation (English Subtitles)12мин
2 материала для самостоятельного изучения
Readings10мин
Slides10мин
1 практическое упражнение
Origination of New Genes10мин
Неделя
13
1 ч. на завершение

Evolution function analysis of DNA methyltransferase

Upon completion of this case study module, you will be able to: experience how to use bioinformatic methods to study the function and evolution of DNA methylases; share with Dr. Gang Pei, president of Tongji University and member of the Chinese Academy of Science, the experiences in scientific research and thought about MOOC.

...
5 видео ((всего 71 мин.)), 1 материал для самостоятельного изучения
5 видео
Project background introduction by Dr. Gang Pei25мин
From Dry to Wet, an Evolutionary Story Part 28мин
Talk with Dr. Gang Pei (English Subtitles)20мин
Student Presentation (English Subtitles)10мин
1 материал для самостоятельного изучения
Slides10мин
Неделя
14
1 ч. на завершение

Final Exam

The description goes here

...
1 тест
1 практическое упражнение
Final Exam1ч 20мин
4.7
Рецензии: 31Chevron Right

40%

получил значимые преимущества в карьере благодаря этому курсу

25%

стал больше зарабатывать или получил повышение

Лучшие отзывы о курсе Биоинформатика: введение и методы 生物信息学: 导论与方法

автор: FKDec 16th 2018

The course has given me a great way to learn Bioinformatics. I especially loved the mode of teaching and the case studies.

Преподаватели

Avatar

Ge Gao 高歌, Ph.D.

Assistant Professor, Principle Investigator
Center for Bioinformatics, School of Life Science
Avatar

Liping Wei 魏丽萍, Ph.D.

Professor, Director
Center for Bioinformatics, School of Life Sciences

О Пекинский университет

Peking University is determined to make its education openly accessible to students in China and around the world. With over 3000 faculty members, Peking University offers excellence in teaching and learning. Founded in 1898, Peking University (PKU) was the first national comprehensive university in China. For the past 115 years, with its hundreds of thousands of outstanding alumni, Peking University has made prominent contributions in the humanities and sciences to further China's prosperity and progress....

Часто задаваемые вопросы

  • Зарегистрировавшись на сертификацию, вы получите доступ ко всем видео, тестам и заданиям по программированию (если они предусмотрены). Задания по взаимной оценке сокурсниками можно сдавать и проверять только после начала сессии. Если вы проходите курс без оплаты, некоторые задания могут быть недоступны.

  • Оплатив сертификацию, вы получите доступ ко всем материалам курса, включая оцениваемые задания. После успешного прохождения курса на странице ваших достижений появится электронный сертификат. Оттуда его можно распечатать или прикрепить к профилю LinkedIn. Просто ознакомиться с содержанием курса можно бесплатно.

Остались вопросы? Посетите Центр поддержки учащихся.