4.8
звезд
Оценки: 39

Rebecca Wattam

3 976 уже зарегистрированы

от партнера

Bacterial Bioinformatics

Виргинский университет

Об этом курсе

Недавно просмотрено: 8 994

This course provides demonstrations and exercises for performing common genomics-based analysis tasks of bacterial sequence data.  It uses PATRIC, the PathoSystems Resource Integration Center, as the platform for analysis. PATRIC is the NIH/NIAID-funded bacterial Bioinformatics Resource Center, providing comprehensive bacterial genomic data with integrated analysis tools and visualizations. PATRIC also provides a private workspace where users can upload and analyze their own data. 
Course participants will gain skills needed to do comparative analysis of bacterial genomes, starting with raw sequence data.The lessons in the first module cover genome assembly, annotation, phylogenetic tree construction, and protein family / proteome comparisons. Each lesson builds on the previous, creating a complete baseline analysis workflow.

Гибкие сроки

Назначьте сроки сдачи в соответствии со своим графиком.

Сертификат, ссылками на который можно делиться с другими людьми

Получите сертификат по завершении

100% онлайн

Начните сейчас и учитесь по собственному графику.

Средний уровень

This class is geared towards biologists, bacteriologists, and bioinformaticians with a basic knowledge of comparative genomics.

Прибл. 14 часов на выполнение

Английский

Субтитры: Французский, Португальский (Европа), Русский, Английский, Испанский

Чему вы научитесь

Learn how to assemble a bacterial genome

Learn how to annotate a bacterial genome

Learn how to generate a phylogenetic tree from a set of bacterial genomes

Learn how to perform basic comparative analyses of a set of bacterial genomes

Гибкие сроки

Назначьте сроки сдачи в соответствии со своим графиком.

Сертификат, ссылками на который можно делиться с другими людьми

Получите сертификат по завершении

100% онлайн

Начните сейчас и учитесь по собственному графику.

Средний уровень

This class is geared towards biologists, bacteriologists, and bioinformaticians with a basic knowledge of comparative genomics.

Прибл. 14 часов на выполнение

Английский

Субтитры: Французский, Португальский (Европа), Русский, Английский, Испанский

Преподаватели

Оценка преподавателя

4,84/5 (оценок: 21)

Rebecca Wattam

Professor

Biocomplexity Institute and Initiative

3 976 учащихся

1 курс

от партнера

Виргинский университет

A premier institution of higher education, The University of Virginia offers outstanding academics, world-class faculty, and an inspiring, supportive environment. Founded by Thomas Jefferson in 1819, the University is guided by his vision of discovery, innovation, and development of the full potential of students from all walks of life. Through these courses, global learners have an opportunity to study with renowned scholars and thought leaders.

Программа курса: что вы изучите

Неделя

Неделя 1

1 ч. на завершение

Introduction

This lesson provides an introduction to PATRIC, the PathoSystems Resource Integration Center, a Bioinformatics Resource Center dedicated to supporting bacterial research. PATRIC provides comprehensive bacterial genomic data with integrated analysis tools and visualizations. PATRIC also provides a private workspace where users can upload and analyze their own data. PATRIC will serve as the platform for the analysis methods covered in this module.

1 ч. на завершение

7 видео ((всего 42 мин.))

7 видео

Instructor introduction3мин

History of PATRIC and the BRC program3мин

PATRIC overview - tabs and information16мин

Registering and logging on to PATRIC2мин

PATRIC workspace-Create Shared Workspace6мин

Sharing a genome with other PATRIC users4мин

Copying a genome annotation job to a shared workspace3мин

1 практическое упражнение

PATRIC overview, login, and workspace sharing30мин

Неделя

Неделя 2

1 ч. на завершение

Assembly

This lesson provides step-by-step instructions for assembling a genome from a set of bacterial sequence reads using the PATRIC Genome Assembly Service. Exercises are included to enhance comprehension and build proficiency in using the assembly process.

1 ч. на завершение

7 видео ((всего 49 мин.))

7 видео

Introduction to genome assembly6мин

Uploading read files to the workspace for assembly11мин

Submitting reads to the Genome Assembly Service8мин

Selecting assembly strategies and submitting the assembly job8мин

Monitoring the assembly job and reviewing job results7мин

Genome coverage in Genome Report2мин

Assembly questions and getting help with problems4мин

1 практическое упражнение

Review of genome assembly30мин

Неделя

Неделя 3

2 ч. на завершение

Annotation

This lesson provides step-by-step instructions for annotating a genome from contigs using the PATRIC Genome Annotation Service. Exercises are included to enhance comprehension and build proficiency in using the annotation process.

2 ч. на завершение

7 видео ((всего 77 мин.))

7 видео

Introduction to genome annotation in PATRIC5мин

Uploading contig files to the PATRIC workspace12мин

Submitting a job to the PATRIC Genome Annotation Service7мин

Reviewing the resulting Genome Report19мин

Downloading the generated files 11мин

Viewing your annotated genome in PATRIC15мин

Finding help or reporting problems with the service5мин

1 практическое упражнение

Review of genome annotation30мин

Неделя

Неделя 4

2 ч. на завершение

Comprehensive Genome Analysis

This lesson provides step-by-step instructions for assembling, annotating, and performing an automated analysis of a genome from a set of bacterial sequence reads using the PATRIC Comprehensive Genome Analysis Service. Exercises are included to enhance comprehension and build proficiency in using the service.

2 ч. на завершение

10 видео ((всего 101 мин.))

10 видео

Introduction to Comprehensive Genome Analysis in PATRIC2мин

Submitting a job using reads16мин

Submitting contigs8мин

Full Genome Report13мин

Job Results11мин

Assembly results11мин

Annotation results12мин

Viewing annotated genome12мин

Finding help and citing5мин

Hybrid Assembly Summary8мин

1 практическое упражнение

Review of the Comprehensive Genome Analysis Service30мин

Неделя

Неделя 5

2 ч. на завершение

Codon-Based Phyogenetic Trees

This lesson provides step-by-step instructions for generating a codon-based phylogentic tree from a set of genomes using the PATRIC Codon Tree Service. Exercises are included to enhance comprehension and build proficiency in using the service.

2 ч. на завершение

9 видео ((всего 107 мин.))

9 видео

Introduction to codon trees2мин

Creating genome groups for building codon trees16мин

Submitting the tree-building job11мин

Reviewing the codon tree report11мин

Accessing codon tree files in the jobs folder10мин

Removing problem genomes from groups 17мин

Using the Protein Family Sorter to improve the tree16мин

Viewing the tree in FigTree8мин

Finding help and citing PATRIC11мин

1 практическое упражнение

Review of codon trees30мин

Неделя

Неделя 6

1 ч. на завершение

Similar Genome Finder

This lesson provides step-by-step instructions for finding genomes (and associated taxonomy) in PATRIC similar to your genome or sequences using the Similar Genome Finder Service. Exercises are included to enhance comprehension and build proficiency in using the service.

1 ч. на завершение

4 видео ((всего 25 мин.))

Неделя

Неделя 7

2 ч. на завершение

Protein Family Sorter

This lesson provides step-by-step instructions for using the PATRIC Protein Family Sorter to compare presence, absence, and counts of proteins in protein families across a set of genomes. Exercises are included to enhance comprehension and build proficiency in using the tool.

2 ч. на завершение

13 видео ((всего 99 мин.))

13 видео

Introduction to Protein Family Sorter4мин

Using Global Search7мин

Creating a genome group5мин

Submitting a Protein Family Sorter Service analysis job6мин

Protein Family Sorter tabular results7мин

Filtering tabular results8мин

Heatmap filtering5мин

Heatmap clustering5мин

Anchoring and downloading heatmap data8мин

Using the Feature Table and Compare Region Viewer14мин

Downloading sequences from Feature Table and viewing in the Genome Browser11мин

BLASTing a genomic region10мин

Protein Family Sorter summary2мин

1 практическое упражнение

Review of Protein Family Sorter30мин

Неделя

Неделя 8

2 ч. на завершение

Proteome Comparison

This lesson provides step-by-step instructions for using the PATRIC Proteome Comparison Service to compare a set of genomes against a reference genome, feature group, or FASTA file. Exercises are included to enhance comprehension and build proficiency in using the tool.

2 ч. на завершение

11 видео ((всего 74 мин.))

11 видео

Introduction to Proteome Comparison4мин

Selecting parameters8мин

Selecting a reference genome3мин

Using a feature group or FASTA file as input6мин

Using a feature group as the reference2мин

Using a FASTA file as the reference4мин

Selecting the genomes to use for the comparison3мин

3 flavors of reference genomes5мин

Reviewing the output job results21мин

Citing PATRIC and getting help5мин

Summary of analysis of two assembly strategies8мин

1 практическое упражнение

Review of Proteome Comparison30мин

Рецензии

4.8

Рецензии: 10

5 stars
85,36 %
4 stars
12,19 %
3 stars
2,43 %

Лучшие отзывы о курсе BACTERIAL BIOINFORMATICS

от партнера PP23 дек. 2020 г.

very useful course , can solve a lot of problem in bacterium genome analysis easily

Посмотреть все отзывы

Часто задаваемые вопросы

Когда я получу доступ к лекциям и заданиям?
Доступ к лекциям и заданиям предоставляется в зависимости от типа регистрации. Если вы проходите курс в режиме слушателя, то получите бесплатный доступ к большинству материалов курса. Чтобы открыть оцениваемые задания и возможность получить сертификат, необходимо будет приобрести прохождение с сертификатом. Это можно сделать во время прохождения в режиме слушателя или после него. Если вы не видите варианта 'Режим слушателя'.
Курс может не предлагаться в режиме слушателя. Попробуйте бесплатную пробную версию или подайте заявку на финансовую помощь.
Курс предлагаться в режиме 'Полный курс, без сертификата'. В нем можно просматривать все материалы, выполнять обязательные задания и получить итоговую оценку. Приобрести дополнительно прохождение с сертификатом в таком случае нельзя.
Что я получу, оплатив сертификацию?
Оплатив сертификацию, вы получите доступ ко всем материалам курса, включая оцениваемые задания. После успешного прохождения курса на странице ваших достижений появится электронный сертификат. Оттуда его можно распечатать или прикрепить к профилю LinkedIn. Просто ознакомиться с содержанием курса можно бесплатно.
Можно ли получить финансовую помощь?
Да, Coursera предоставляет финансовую помощь учащимся, которые не могут оплатить обучение. Чтобы подать заявление, перейдите по ссылке 'Финансовая помощь' слева под кнопкой 'Зарегистрироваться' и заполните форму. Если его примут, вы получите уведомление. Подробнее

Остались вопросы? Посетите Центр поддержки учащихся.

Bacterial Bioinformatics

Bacterial Bioinformatics