4.6
звезд
Оценки: 106

Rebecca Wattam

9 524 уже зарегистрированы

от партнера

Bacterial Bioinformatics

Виргинский университет

Об этом курсе

Недавно просмотрено: 13 056

This course provides demonstrations and exercises for performing common genomics-based analysis tasks of bacterial sequence data.  It uses PATRIC, the PathoSystems Resource Integration Center, as the platform for analysis. PATRIC is the NIH/NIAID-funded bacterial Bioinformatics Resource Center, providing comprehensive bacterial genomic data with integrated analysis tools and visualizations. PATRIC also provides a private workspace where users can upload and analyze their own data. 
Course participants will gain skills needed to do comparative analysis of bacterial genomes, starting with raw sequence data.The lessons in the first module cover genome assembly, annotation, phylogenetic tree construction, and protein family / proteome comparisons. Each lesson builds on the previous, creating a complete baseline analysis workflow.

Гибкие сроки

Назначьте сроки сдачи в соответствии со своим графиком.

100% онлайн

Начните сейчас и учитесь по собственному графику.

Средний уровень

This class is geared towards biologists, bacteriologists, and bioinformaticians with a basic knowledge of comparative genomics.

Прибл. 14 часов на выполнение

Английский

Будет ли вашей компании выгодно обучить сотрудников востребованным навыкам?

Попробуйте Coursera для бизнеса

Чему вы научитесь

Learn how to assemble a bacterial genome
Learn how to annotate a bacterial genome
Learn how to generate a phylogenetic tree from a set of bacterial genomes
Learn how to perform basic comparative analyses of a set of bacterial genomes

Гибкие сроки

Назначьте сроки сдачи в соответствии со своим графиком.

100% онлайн

Начните сейчас и учитесь по собственному графику.

Средний уровень

This class is geared towards biologists, bacteriologists, and bioinformaticians with a basic knowledge of comparative genomics.

Прибл. 14 часов на выполнение

Английский

Будет ли вашей компании выгодно обучить сотрудников востребованным навыкам?

Попробуйте Coursera для бизнеса

Преподаватели

Оценка преподавателя

4,73/5 (оценок: 46)

Rebecca Wattam

Professor

Biocomplexity Institute and Initiative

9 524 учащихся

1 курс

от партнера

Виргинский университет

A premier institution of higher education, The University of Virginia offers outstanding academics, world-class faculty, and an inspiring, supportive environment. Founded by Thomas Jefferson in 1819, the University is guided by his vision of discovery, innovation, and development of the full potential of students from all walks of life. Through these courses, global learners have an opportunity to study with renowned scholars and thought leaders.

Узнайте, как сотрудники ведущих компаний осваивают востребованные навыки

Подробнее о Coursera для бизнеса

Программа курса: что вы изучите

Неделя

Неделя 1

1 ч. на завершение

Introduction

This lesson provides an introduction to PATRIC, the PathoSystems Resource Integration Center, a Bioinformatics Resource Center dedicated to supporting bacterial research. PATRIC provides comprehensive bacterial genomic data with integrated analysis tools and visualizations. PATRIC also provides a private workspace where users can upload and analyze their own data. PATRIC will serve as the platform for the analysis methods covered in this module.

1 ч. на завершение

7 видео ((всего 42 мин.))

7 видео

Instructor introduction3мин

History of PATRIC and the BRC program3мин

PATRIC overview - tabs and information16мин

Registering and logging on to PATRIC2мин

PATRIC workspace-Create Shared Workspace6мин

Sharing a genome with other PATRIC users4мин

Copying a genome annotation job to a shared workspace3мин

1 практическое упражнение

PATRIC overview, login, and workspace sharing30мин

Неделя

Неделя 2

1 ч. на завершение

Assembly

1 ч. на завершение

7 видео ((всего 49 мин.))

7 видео

Introduction to genome assembly6мин

Uploading read files to the workspace for assembly11мин

Submitting reads to the Genome Assembly Service8мин

Selecting assembly strategies and submitting the assembly job8мин

Monitoring the assembly job and reviewing job results7мин

Genome coverage in Genome Report2мин

Assembly questions and getting help with problems4мин

1 практическое упражнение

Review of genome assembly30мин

Неделя

Неделя 3

2 ч. на завершение

Annotation

2 ч. на завершение

7 видео ((всего 77 мин.))

7 видео

Introduction to genome annotation in PATRIC5мин

Uploading contig files to the PATRIC workspace12мин

Submitting a job to the PATRIC Genome Annotation Service7мин

Reviewing the resulting Genome Report19мин

Downloading the generated files 11мин

Viewing your annotated genome in PATRIC15мин

Finding help or reporting problems with the service5мин

1 практическое упражнение

Review of genome annotation30мин

Неделя

Неделя 4

2 ч. на завершение

Comprehensive Genome Analysis

2 ч. на завершение

10 видео ((всего 101 мин.))

10 видео

Introduction to Comprehensive Genome Analysis in PATRIC2мин

Submitting a job using reads16мин

Submitting contigs8мин

Full Genome Report13мин

Job Results11мин

Assembly results11мин

Annotation results12мин

Viewing annotated genome12мин

Finding help and citing5мин

Hybrid Assembly Summary8мин

1 практическое упражнение

Review of the Comprehensive Genome Analysis Service30мин

Неделя

Неделя 5

2 ч. на завершение

Codon-Based Phyogenetic Trees

2 ч. на завершение

9 видео ((всего 107 мин.))

9 видео

Introduction to codon trees2мин

Creating genome groups for building codon trees16мин

Submitting the tree-building job11мин

Reviewing the codon tree report11мин

Accessing codon tree files in the jobs folder10мин

Removing problem genomes from groups 17мин

Using the Protein Family Sorter to improve the tree16мин

Viewing the tree in FigTree8мин

Finding help and citing PATRIC11мин

1 практическое упражнение

Review of codon trees30мин

Неделя

Неделя 6

1 ч. на завершение

Similar Genome Finder

1 ч. на завершение

4 видео ((всего 25 мин.))

Неделя

Неделя 7

2 ч. на завершение

Protein Family Sorter

2 ч. на завершение

13 видео ((всего 99 мин.))

13 видео

Introduction to Protein Family Sorter4мин

Using Global Search7мин

Creating a genome group5мин

Submitting a Protein Family Sorter Service analysis job6мин

Protein Family Sorter tabular results7мин

Filtering tabular results8мин

Heatmap filtering5мин

Heatmap clustering5мин

Anchoring and downloading heatmap data8мин

Using the Feature Table and Compare Region Viewer14мин

Downloading sequences from Feature Table and viewing in the Genome Browser11мин

BLASTing a genomic region10мин

Protein Family Sorter summary2мин

1 практическое упражнение

Review of Protein Family Sorter30мин

Неделя

Неделя 8

2 ч. на завершение

Proteome Comparison

2 ч. на завершение

11 видео ((всего 74 мин.))

11 видео

Introduction to Proteome Comparison4мин

Selecting parameters8мин

Selecting a reference genome3мин

Using a feature group or FASTA file as input6мин

Using a feature group as the reference2мин

Using a FASTA file as the reference4мин

Selecting the genomes to use for the comparison3мин

3 flavors of reference genomes5мин

Reviewing the output job results21мин

Citing PATRIC and getting help5мин

Summary of analysis of two assembly strategies8мин

1 практическое упражнение

Review of Proteome Comparison30мин

Рецензии

4.6

Рецензии: 25

5 stars
75,47 %
4 stars
16,98 %
3 stars
5,66 %
1 star
1,88 %

Лучшие отзывы о курсе BACTERIAL BIOINFORMATICS

от партнера PP23 дек. 2020 г.

very useful course , can solve a lot of problem in bacterium genome analysis easily

от партнера NG14 февр. 2022 г.

it was very informative course and i enjoyed doing home works and assessments.

thank you

Regards

Neeraja

от партнера YS27 окт. 2022 г.

Very informative course content and I have learned a lot

от партнера GT4 февр. 2022 г.

i appreciate the dedication and design of the course. it so practical and friendly. thank You Dr. Rebecca.

Посмотреть все отзывы

Часто задаваемые вопросы

Когда я получу доступ к лекциям и заданиям?
Доступ к лекциям и заданиям предоставляется в зависимости от типа регистрации. Если вы проходите курс в режиме слушателя, то получите бесплатный доступ к большинству материалов курса. Чтобы открыть оцениваемые задания и возможность получить сертификат, необходимо будет приобрести прохождение с сертификатом. Это можно сделать во время прохождения в режиме слушателя или после него. Если вы не видите варианта 'Режим слушателя'.
Курс может не предлагаться в режиме слушателя. Попробуйте бесплатную пробную версию или подайте заявку на финансовую помощь.
Курс предлагаться в режиме 'Полный курс, без сертификата'. В нем можно просматривать все материалы, выполнять обязательные задания и получить итоговую оценку. Приобрести дополнительно прохождение с сертификатом в таком случае нельзя.

Остались вопросы? Посетите Центр поддержки учащихся.

Обучайте сотрудников и добивайтесь отличных результатов в бизнесе

Откройте для себя Coursera для бизнеса

Bacterial Bioinformatics

Bacterial Bioinformatics

Об этом курсе

Чему вы научитесь