Об этом курсе
Недавно просмотрено: 19,563

100% онлайн

Начните сейчас и учитесь по собственному графику.

Гибкие сроки

Назначьте сроки сдачи в соответствии со своим графиком.

Начальный уровень

Прибл. 13 часа на выполнение

Предполагаемая нагрузка: 12-18 hours videos and labs...

Английский

Субтитры: Английский

Приобретаемые навыки

Genetic AnalysisBioinformatics AnalysisEvolutionComparative Genomics

100% онлайн

Начните сейчас и учитесь по собственному графику.

Гибкие сроки

Назначьте сроки сдачи в соответствии со своим графиком.

Начальный уровень

Прибл. 13 часа на выполнение

Предполагаемая нагрузка: 12-18 hours videos and labs...

Английский

Субтитры: Английский

Программа курса: что вы изучите

Неделя
1
3 ч. на завершение

NCBI/Blast I

In this module we'll be exploring the amazing resources available at NCBI, the National Centre for Biotechnology Information, run by the National Library of Medicine in the USA. We'll also be doing a Blast search to find similar sequences in the enormous NR sequence database. We can use similar sequences to infer homology, which is the primary predictor of gene or protein function.

...
4 видео ((всего 52 мин.)), 4 материалов для самостоятельного изучения, 1 тест
4 видео
Lecture25мин
Lab Discussion24мин
Summary
4 материала для самостоятельного изучения
Acknowledgements10мин
Course Logistics10мин
Lecture Materials10мин
Lab 1 -- Exploring NCBI1ч 30мин
1 практическое упражнение
Lab 1 Quiz6мин
Неделя
2
3 ч. на завершение

Blast II/Comparative Genomics

In this module we'll continue exploring the incredible resources available at NCBI, the National Centre for Biotechnology Information. We will be performing several different kinds of Blast searches: BlastP, PSI-Blast, and Translated Blast. We can use similar sequences identified by such methods to infer homology, which is the primary predictor of gene or protein function. We'll also be comparing parts of the genomes of a couple of different species, to see how similar they are.

...
4 видео ((всего 58 мин.)), 2 материалов для самостоятельного изучения, 1 тест
4 видео
Lecture32мин
Lab Discussion23мин
Summary
2 материала для самостоятельного изучения
Lecture Materials10мин
Lab 2 -- Advanced Blast and Comparative Genomics1ч 30мин
1 практическое упражнение
Lab 2 Quiz6мин
Неделя
3
2 ч. на завершение

Multiple Sequence Alignments

In this module we'll be doing multiple sequence alignments with Clustal (as implemented in MEGA), DiAlign, and MAFFT. Multiple sequences alignments can tell you where in a sequence the conserved and variable regions are, which is important for understanding the biology of the sequences under investigation. It also has practical applications, such as being able to design PCR primers that will amplify sequences from a number of different species, for example.

...
4 видео ((всего 42 мин.)), 2 материалов для самостоятельного изучения, 1 тест
4 видео
Lecture23мин
Lab Discussion16мин
Summary
2 материала для самостоятельного изучения
Lecture Materials10мин
Lab 3 -- Multiple Sequence Alignment1ч 30мин
1 практическое упражнение
Lab 3 Quiz6мин
Неделя
4
10 минуты на завершение

Review: NCBI/Blast I, Blast II/Comparative Genetics, and Multiple Sequence Alignments

...
1 тест
1 практическое упражнение
Quiz: Modules 1-310мин
Неделя
5
2 ч. на завершение

Phylogenetics

In this module we'll be using the multiple sequence alignments we generated last lab to do some phylogenetic analyses with both neighbour-joining and maximum likelihood methods. The tree-like structure generated by such analyses tells us how closely sequences are related one to another, and suggests when in evolutionary time a speciation or gene duplication event occurred.

...
4 видео ((всего 36 мин.)), 2 материалов для самостоятельного изучения, 1 тест
4 видео
Lecture25мин
Lab Discussion9мин
Summary
2 материала для самостоятельного изучения
Lecture Materials10мин
Lab 4 -- Phylogenetics1ч 30мин
1 практическое упражнение
Lab 4 Quiz6мин
Неделя
6
2 ч. на завершение

Selection Analysis

In this module we'll take a set of orthologous sequences from bacteria and use DataMonkey to analyze them for the presence of certain sites under positive, negative or neutral selection. Such an analysis can help understand the biology of a set of protein coding sequences by identifying residues that might be important for biological function (those residues under negative selection) or those that might be involved in response to external influences, such as drugs, pathogens or other factors (residues under positive selection).

...
4 видео ((всего 38 мин.)), 2 материалов для самостоятельного изучения, 1 тест
4 видео
Lecture23мин
Lab Discussion10мин
Summary1мин
2 материала для самостоятельного изучения
Lecture Materials10мин
Lab 5 -- Selection Analysis1ч 30мин
1 практическое упражнение
Lab 5 Quiz6мин
Неделя
7
3 ч. на завершение

'Next Gen' Sequence Analysis (RNA-Seq) / Metagenomics

In this module we'll explore some of the data that have been generated as a result of the rapid decrease in the cost of sequencing DNA. We'll be exploring a couple of RNA-Seq data sets that can tell us where any given gene is expressed, and also how that gene might be alternatively spliced. We'll also be looking at a couple of metagenome data sets that can tell us about the kinds of species (especially microbial species that might otherwise be hard to culture) that are in a given environmental niche.

...
4 видео ((всего 51 мин.)), 2 материалов для самостоятельного изучения, 1 тест
4 видео
Lecture24мин
Lab Discussion20мин
Summary4мин
2 материала для самостоятельного изучения
Lecture Materials10мин
Lab 6 -- Next Generation Sequencing Applications: RNA-Seq and Metagenomics1ч 30мин
1 практическое упражнение
Lab 6 Quiz6мин
Неделя
8
1 ч. на завершение

Review: Phylogenetics, Selection Analysis, and 'Next Gen' Sequence Analysis (RNA-seq)/Metagenomics + Final Assignment

...
1 материал для самостоятельного изучения, 2 тестов
1 материал для самостоятельного изучения
Final Assignment Instructions10мин
2 практического упражнения
Review: Modules 5-710мин
Final Assignment10мин
4.7
Рецензии: 158Chevron Right

21%

начал новую карьеру, пройдя эти курсы

29%

получил значимые преимущества в карьере благодаря этому курсу

20%

стал больше зарабатывать или получил повышение

Лучшие отзывы о курсе Методы биоинформатики I

автор: EDApr 27th 2017

Great course. All lectures provide a biological context for the tools you learn in the labs. The labs themselves provide a great introduction to the many tools available for bioinformatic analysis.

автор: FJFeb 6th 2017

The videos were very clear on how to use various bioinformatic tools. I found no difficulty in understanding them. Really enjoyed the course. Looking forward to the next part of this course!

Преподаватели

Avatar

Nicholas James Provart

Professor
Cell & Systems Biology

О Торонтский университет

Established in 1827, the University of Toronto is one of the world’s leading universities, renowned for its excellence in teaching, research, innovation and entrepreneurship, as well as its impact on economic prosperity and social well-being around the globe. ...

Часто задаваемые вопросы

  • Зарегистрировавшись на сертификацию, вы получите доступ ко всем видео, тестам и заданиям по программированию (если они предусмотрены). Задания по взаимной оценке сокурсниками можно сдавать и проверять только после начала сессии. Если вы проходите курс без оплаты, некоторые задания могут быть недоступны.

  • Оплатив сертификацию, вы получите доступ ко всем материалам курса, включая оцениваемые задания. После успешного прохождения курса на странице ваших достижений появится электронный сертификат. Оттуда его можно распечатать или прикрепить к профилю LinkedIn. Просто ознакомиться с содержанием курса можно бесплатно.

Остались вопросы? Посетите Центр поддержки учащихся.