Об этом курсе
3,647

100% онлайн

Начните сейчас и учитесь по собственному графику.

Гибкие сроки

Назначьте сроки сдачи в соответствии со своим графиком.

Начальный уровень

Прибл. 11 часа на выполнение

Предполагаемая нагрузка: 12-18 hours of videos and labs...

Английский

Субтитры: Английский

100% онлайн

Начните сейчас и учитесь по собственному графику.

Гибкие сроки

Назначьте сроки сдачи в соответствии со своим графиком.

Начальный уровень

Прибл. 11 часа на выполнение

Предполагаемая нагрузка: 12-18 hours of videos and labs...

Английский

Субтитры: Английский

Программа курса: что вы изучите

Неделя
1
3 ч. на завершение

Protein Motifs

In this module we'll be exploring conserved regions within protein families. Such regions can help us understand the biology of a sequence, in that they are likely important for biological function, and also be used to help ascribe function to sequences where we can't identify any homologs in the databases. There are various ways of describing the conserved regions from simple regular expressions to profiles to profile hidden Markov models (HMMs)....
4 видео ((всего 34 мин.)), 4 материалов для самостоятельного изучения, 1 тест
4 видео
Lecture21мин
Lab Discussion9мин
Summary1мин
4 материала для самостоятельного изучения
Acknowledgements10мин
Course Logistics10мин
Lecture Materials10мин
Lab 1 -- Protein Domain, Motif and Profile Analysis30мин
1 практическое упражнение
Lab 1 Quiz6мин
Неделя
2
2 ч. на завершение

Protein-Protein Interactions

In this module we'll be exploring protein-protein interactions (PPIs). Protein-protein interactions are important as proteins don't act in isolation, and often an examination of the interaction partners (determined in an unbiased, perhaps high throughput way) of a given protein can tell us a lot about its biology. We'll talk about some different methods used to determine PPIs and go over their strengths and weaknesses. In the lab we'll use 3 different tools and two different databases to examine interaction partners of BRCA2, a protein that we examined in last module's lab. Finally, we'll touch on a "foundational" concept, Gene Ontology (GO) term enrichment analysis, to help us understand in an overview way the proteins interacting with our example....
4 видео ((всего 37 мин.)), 2 материалов для самостоятельного изучения, 1 тест
4 видео
Lecture23мин
Lab Discussion11мин
Summary1мин
2 материала для самостоятельного изучения
Lecture Materials10мин
Lab 2 -- Protein-Protein Interactions30мин
1 практическое упражнение
Lab 2 Quiz6мин
Неделя
3
2 ч. на завершение

Protein Structure

The determination of a protein's tertiary structure in three dimensions can tell us a lot about the biology of that protein. In this module's mini-lecture, we'll talk about some different methods used to determine a protein's tertiary structure and cover the main database for protein structure data, the PDB. In the lab we'll explore the PDB and an online tool for searching for structural (as opposed to sequence) similarity, VAST. We'll then use a nice piece of stand-alone software, PyMOL, to explore several protein structures in more detail....
4 видео ((всего 32 мин.)), 2 материалов для самостоятельного изучения, 1 тест
4 видео
Lecture13мин
Lab Discussion16мин
Summary1мин
2 материала для самостоятельного изучения
Lecture Materials10мин
Lab 3 -- Structural Bioinformatics30мин
1 практическое упражнение
Lab 3 Quiz6мин
Неделя
4
10 минуты на завершение

Review: Protein Motifs, Protein-Protein Interactions, and Protein Structure

...
1 тест
1 практическое упражнение
Quiz: Protein Motifs, Protein-Protein Interactions, and Protein Structure10мин
Неделя
5
3 ч. на завершение

Gene Expression Analysis I

When and where genes are expressed (active) in tissues or cells is one of the main determinants of what makes that tissue or cell the way it is, both in terms of morphology and in terms of response to external stimuli. Several different methods exist for generating gene expression levels for all of the genes in the genome in tissues or even at cell-type-specific resolution. In this class we'll be processing and then examining some gene expression data generated using RNA-seq. We'll explore one of the main databases for RNA-seq expression data, the Sequence Read Archive (SRA), and then use an open-source suite of programs in R called BioConductor to process the raw reads from 4 RNA-seq data sets, to summarize their expression levels, to select significantly differentially expressed genes, and finally to visualize these as a heat map....
4 видео ((всего 49 мин.)), 2 материалов для самостоятельного изучения, 1 тест
4 видео
Lecture26мин
Lab Discusssion19мин
Summary1мин
2 материала для самостоятельного изучения
Lecture Materials10мин
Lab 4 -- Gene Expression Analysis I30мин
1 практическое упражнение
Lab 4 Quiz6мин
Неделя
6
2 ч. на завершение

Gene Expression Analysis II

When and where genes are expressed (active) in tissues or cells is one of the main determinants of what makes that tissue or cell the way it is, both in terms of morphology and in terms of response to external stimuli. Several different methods exist for generating gene expression levels for all of the genes in the genome in tissues or even at cell-type-specific resolution. In this class we'll be hierarchically clustering our significantly differentially expressed genes from last time using BioConductor and the built-in function of an online tool, called Expression Browser. Then we'll be using another online tool that uses a similarity metric, the Pearson correlation coefficient, to identify genes responding in a similar manner to our gene of interest, in this case AP3. We'll use a second tool, ATTED-II to corroborate our gene list. We'll also be exploring some online databases of gene expression and an online tool for doing a Gene Ontology enrichment analysis....
5 видео ((всего 42 мин.)), 2 материалов для самостоятельного изучения, 1 тест
5 видео
Lecture part 120мин
Lecture part 27мин
Lab Discussion12мин
Summary34
2 материала для самостоятельного изучения
Lecture Materials10мин
Lab 5 -- Gene Expression Data Analysis II30мин
1 практическое упражнение
Lab 5 Quiz6мин
Неделя
7
2 ч. на завершение

Cis Regulatory Systems

When and where genes are expressed in tissues or cells is one of the main determinants of what makes that tissue or cell the way it is, both in terms of morphology and in terms of response to external stimuli. Gene expression is controlled in part by the presence of short sequences in the promoters (and other parts) of genes, called cis-elements, which permit transcription factors and other regulatory proteins to bind to direct the patterns of expression in certain tissues or cells or in response to environmental stimuli: We'll explore a couple of sets of promoters of genes that are coexpressed with AP3 from Arabidopsis, and with INSULIN from human, for the presence of known cis-elements, and we'll also try to predict some new ones using a couple of different methods....
4 видео ((всего 40 мин.)), 2 материалов для самостоятельного изучения, 1 тест
4 видео
Lecture22мин
Lab Discussion15мин
Summary57
2 материала для самостоятельного изучения
Lecture Materials10мин
Lab 6 -- Cis Regulatory Element Mapping and Prediction30мин
1 практическое упражнение
Lab 6 Quiz6мин
Неделя
8
1 ч. на завершение

Review: Gene Expression Analysis and Cis Regulatory Systems + Final Assignment

...
1 материал для самостоятельного изучения, 2 тестов
1 материал для самостоятельного изучения
Final Assignment Instructions10мин
2 практического упражнения
Quiz: Modules 5-710мин
Final Assignment10мин
4.7
Рецензии: 39Chevron Right

20%

начал новую карьеру, пройдя эти курсы

25%

получил значимые преимущества в карьере благодаря этому курсу

11%

стал больше зарабатывать или получил повышение

Лучшие рецензии

автор: RGApr 6th 2017

Gives the student real world exposure to the tools to study proteins gene regulation, etc. Instructor is involved and friendly. Highly recommended for someone who is interested in contemporary

автор: NMJan 9th 2018

Hi Nicholas, Thank you so much for giving a lot of information. Bioinformatic Methods II was little difficult but understood after repeating the lad discussions. Thanks a lot.

Преподаватели

Avatar

Nicholas James Provart

Professor
Cell & Systems Biology

О Торонтский университет

Established in 1827, the University of Toronto is one of the world’s leading universities, renowned for its excellence in teaching, research, innovation and entrepreneurship, as well as its impact on economic prosperity and social well-being around the globe. ...

Часто задаваемые вопросы

  • Зарегистрировавшись на сертификацию, вы получите доступ ко всем видео, тестам и заданиям по программированию (если они предусмотрены). Задания по взаимной оценке сокурсниками можно сдавать и проверять только после начала сессии. Если вы проходите курс без оплаты, некоторые задания могут быть недоступны.

  • Оплатив сертификацию, вы получите доступ ко всем материалам курса, включая оцениваемые задания. После успешного прохождения курса на странице ваших достижений появится электронный сертификат. Оттуда его можно распечатать или прикрепить к профилю LinkedIn. Просто ознакомиться с содержанием курса можно бесплатно.

Остались вопросы? Посетите Центр поддержки учащихся.