Hierarchical Clustering using Euclidean Distance

от партнера
Coursera Project Network
В этом Проект с консультациями вы:

Understand the importance and usage of the hierarchical clustering using skew profiles.

Locate and process the viral cDNA genome files to calculate the skew profiles.

Understand the theory for using the Pythagorean equation to calculate the Euclidean distance. And apply that using python to build a linkage matrix.

Understand how errors occur, how to avoid them, and resolve their sources.

ClockAbout 75 minutes required for the project and 45 for the other materials (reading and assignment).
IntermediateУчащийся среднего уровня
CloudЗагрузка не требуется
VideoВидео на разделенном экране
Comment DotsАнглийский
LaptopТолько для ПК

By the end of this project, you will create a Python program using a jupyter interface that analyzes a group of viruses and plot a dendrogram based on similarities among them. The dendrogram that you will create will depend on the cumulative skew profile, which in turn depends on the nucleotide composition. You will use complete genome sequences for many viruses including, Corona, SARS, HIV, Zika, Dengue, enterovirus, and West Nile viruses.

Навыки, которые вы получите

  • Python Programming
  • Genomics
  • plotting

Будете учиться пошагово

На видео, которое откроется рядом с рабочей областью, преподаватель объяснит эти шаги:

  1. Task 1: Getting Started with Hierarchical Clustering

  2. Task 2: Locate and Process The Data Files

  3. Task 3: Understand The Result Dataset

  4. Task 4: Hierarchical Clustering - Metric

  5. Task 5: Hierarchical Clustering - Ordering & Methods

  6. Task 6: Dendrogram Plotting

  7. Task 7: Dendrogram - Analysis

  8. Task 8: Errors to Avoid

Как устроены проекты с консультациями

Ваше рабочее пространство — это облачный рабочий стол в браузере. Ничего не нужно загружать.

На разделенном экране видео преподаватель предоставляет пошаговые

Часто задаваемые вопросы

Часто задаваемые вопросы

Остались вопросы? Посетите Центр поддержки учащихся.