Об этом курсе
Недавно просмотрено: 5,395

100% онлайн

Начните сейчас и учитесь по собственному графику.

Гибкие сроки

Назначьте сроки сдачи в соответствии со своим графиком.

Промежуточный уровень

None required but you should be familiar with basic aspects of plant and molecular biology. Bioinformatic Methods I and II would be good preparation

Прибл. 11 часа на выполнение

Предполагаемая нагрузка: 6 weeks of hands-on study, plus 2 evaluation weeks. The hands-on modules will take 2-4 hours of time...

Английский

Субтитры: Английский

100% онлайн

Начните сейчас и учитесь по собственному графику.

Гибкие сроки

Назначьте сроки сдачи в соответствии со своим графиком.

Промежуточный уровень

None required but you should be familiar with basic aspects of plant and molecular biology. Bioinformatic Methods I and II would be good preparation

Прибл. 11 часа на выполнение

Предполагаемая нагрузка: 6 weeks of hands-on study, plus 2 evaluation weeks. The hands-on modules will take 2-4 hours of time...

Английский

Субтитры: Английский

Программа курса: что вы изучите

Неделя
1
3 ч. на завершение

Plant Genomic Databases, and useful sites for info about proteins

In this module we'll be exploring several plant databases including Ensembl Plants, Gramene, PLAZA, SUBA, TAIR and Araport. The information in these databases allows us to easily identify functional regions within gene products, view subcellular localization, find homologs in other species, and even explore pre-computed gene trees to see if our gene of interest has undergone a gene duplication event in another species, all at the click of a mouse!

...
4 видео ((всего 44 мин.)), 4 материалов для самостоятельного изучения, 1 тест
4 видео
Mini-lecture17мин
Lab Discussion23мин
Summary1мин
4 материала для самостоятельного изучения
Acknowledgements10мин
Course Logistics10мин
Mini-lecture Notes10мин
Lab 1 -- Plant Genomic Databases and Tools for Exploring Protein Information1ч 30мин
1 практическое упражнение
Lab Quiz 1
Неделя
2
2 ч. на завершение

Expression Analysis

Vast databases of gene expression and nifty visualization tools allow us to explore where and when a gene is expressed. Often this information can be used to help guide a search for a phenotype if we don't see a phenotype in a gene mutant under "normal" growth conditions. We explore several tools for Arabidopsis data (eFP Browser, Genevestigator, TraVA DB, Araport) along with NCBI's Genome Data Viewer for RNA-seq data for other plant species. We also examine the MPSS database of small RNAs and degradation products to see if our example gene has any potential microRNA targets.

...
4 видео ((всего 38 мин.)), 2 материалов для самостоятельного изучения, 1 тест
4 видео
Mini-lecture17мин
Lab Discussion18мин
Summary50
2 материала для самостоятельного изучения
Mini-lecture Notes10мин
Lab 2 -- Expression Analysis1ч 30мин
1 практическое упражнение
Lab Quiz 2
Неделя
3
2 ч. на завершение

Coexpression Tools

Being able to group genes by similar patterns of expression across expression data sets using algorithms like WGCNA is a very useful way of organizing the data. Clusters of genes with similar patterns of expression can then be subject to Gene Ontology term enrichment analysis (see Module 5) or examined to see if they are part of the same pathway. What's even more powerful is being able to identify genes with similar patterns of expression without doing a single expression profiling experiment, by mining gene expression databases! There are several tools that allow you to do this in many plant species simply by entering a query gene identifier. The genes that are returned are often in the same biological process as the query gene, and thus this "guilt-by-association" paradigm is a excellent tool for hypothesis generation.

...
4 видео ((всего 29 мин.)), 2 материалов для самостоятельного изучения, 1 тест
4 видео
Mini-lecture9мин
Lab Discussion16мин
Summary49
2 материала для самостоятельного изучения
Mini-lecture Notes10мин
Lab 3 -- Coexpression Tools1ч 30мин
1 практическое упражнение
Lab Quiz 3
Неделя
4

Sectional Quiz 1

...
1 тест
1 практическое упражнение
Sectional Quiz 1
4.8
Рецензии: 8Chevron Right

Лучшие отзывы о курсе Plant Bioinformatics

автор: QRMar 10th 2019

Very good course for mastering bioinformatics skills. Genetics and molecular biology students/professionals should take this course to augment their research skills.

автор: FSFeb 22nd 2019

Professor Provart is very good and the labs taught us in simple and direct instructions how to perform a wide range of analysis regarding Plant Bioinformatics.

Преподаватели

Avatar

Nicholas James Provart

Professor
Cell & Systems Biology

О Торонтский университет

Established in 1827, the University of Toronto is one of the world’s leading universities, renowned for its excellence in teaching, research, innovation and entrepreneurship, as well as its impact on economic prosperity and social well-being around the globe. ...

Часто задаваемые вопросы

  • Зарегистрировавшись на сертификацию, вы получите доступ ко всем видео, тестам и заданиям по программированию (если они предусмотрены). Задания по взаимной оценке сокурсниками можно сдавать и проверять только после начала сессии. Если вы проходите курс без оплаты, некоторые задания могут быть недоступны.

  • Оплатив сертификацию, вы получите доступ ко всем материалам курса, включая оцениваемые задания. После успешного прохождения курса на странице ваших достижений появится электронный сертификат. Оттуда его можно распечатать или прикрепить к профилю LinkedIn. Просто ознакомиться с содержанием курса можно бесплатно.

Остались вопросы? Посетите Центр поддержки учащихся.