Об этом курсе
4.6
Оценки: 24
Рецензии: 5
100% онлайн

100% онлайн

Начните сейчас и учитесь по собственному графику.
Гибкие сроки

Гибкие сроки

Назначьте сроки сдачи в соответствии со своим графиком.
Часов на завершение

Прибл. 17 часа на выполнение

Предполагаемая нагрузка: 3 weeks of study, 1-3 hours/week...
Доступные языки

Английский

Субтитры: Английский
100% онлайн

100% онлайн

Начните сейчас и учитесь по собственному графику.
Гибкие сроки

Гибкие сроки

Назначьте сроки сдачи в соответствии со своим графиком.
Часов на завершение

Прибл. 17 часа на выполнение

Предполагаемая нагрузка: 3 weeks of study, 1-3 hours/week...
Доступные языки

Английский

Субтитры: Английский

Программа курса: что вы изучите

Неделя
1
Часов на завершение
3 ч. на завершение

From sampling to sequencing

In this module, you will be introduced to metagenomics, some of the considerations and controls that need to be in place in a metagenomics study, and to the topic of antimicrobial resistance. You will also learn about: 1) Sampling and sample handling - the considerations behind a sampling plan, how to perform sampling in practice, and how sample storage can affect metagenomics results; 2) DNA and RNA extraction methods - both for bacterial and viral microorganisms; 3) Sequencing - from library preparation to the basics of different sequencing technologies....
Reading
10 videos (Total 112 min), 13 материалов для самостоятельного изучения, 2 тестов
Video10 видео
Welcome14мин
Introduction to metagenomics10мин
Considerations and controls for metagenomic/microbiome projects10мин
Introduction to antimicrobial resistance11мин
Sampling for surveillance18мин
Sampling at farms and slaughterhouses14мин
Sample storage2мин
Isolation of DNA from complex samples10мин
Sample processing for viral metagenomics7мин
Sequencing platforms12мин
Reading13 материала для самостоятельного изучения
Glossary20мин
Get started !5мин
Introduction to metagenomics2мин
Considerations and controls for metagenomic/microbiome projects2мин
Introduction to antimicrobial resistance2мин
Sampling for surveillance5мин
Sampling at farms and slaughterhouses2мин
Sample storage2мин
Isolation of DNA from complex samples2мин
Notes on library preparation5мин
Sequencing platforms10мин
Assessment case-study - part 15мин
Assessment case study - part 22мин
Quiz2 практического упражнения
Module 1 assessment - part 18мин
Module 1 assessment - part 212мин
Неделя
2
Часов на завершение
3 ч. на завершение

FROM READS TO RESULTS

In this module, you will be introduced to the basics of bioinformatics analysis of metagenomics data, including the different types of analysis possible and the different algorithms available. You will then learn about quality control, MGmapper and KRAKEN (two freely available bioinformatics pipelines), and ResFinder (a database of antimicrobial resistance genes). An example from a real study will demonstrate some of the challenges of a bioinformatics analysis. ...
Reading
6 videos (Total 64 min), 11 материалов для самостоятельного изучения, 1 тест
Video6 видео
Overview of available metagenomic analysis tools7мин
MGmapper13мин
ResFinder database5мин
Demo of metagenomic classification using KRAKEN16мин
Real example of metagenomic analysis - lessons learned14мин
Reading11 материала для самостоятельного изучения
General introduction to bioinformatics analysis of metagenomics data5мин
Overview of available metagenomic analysis tools10мин
MGmapper10мин
MGmapper - Best mode vs Full mode10мин
ResFinder database3мин
Assessment case-study - part 310мин
Samples sheet10мин
Report A - FastQC results10мин
Report B - MGmapper results10мин
Report C - KRAKEN results10мин
Report D10мин
Quiz1 практическое упражнение
Module 2 assessment24мин
Неделя
3
Часов на завершение
8 ч. на завершение

Interpretation of results and potential of metagenomics for surveillance

In this module you will learn about two different approaches to analyse and interpret sequence reads - classification and assembly. You will see examples of methods to vizualize read counts and to analyze metagenomics together with explanatory data. Last, you will learn the potential of metagenomics for the development of a future global and integrated surveillance, and the challenges you may encounter during that process ...
Reading
6 videos (Total 81 min), 15 материалов для самостоятельного изучения, 6 тестов
Video6 видео
Metagenomic assembly and binning: reconstructing genomes from reads15мин
Application of metagenomics in surveillance - methods (part 1)10мин
Application of metagenomics in surveillance - methods (part 2)16мин
Application of metagenomics in surveillance - opportunities and challenges21мин
Farewell3мин
Reading15 материала для самостоятельного изучения
Virtual Machine setupмин
Analysis and visualization of read count data10мин
Metagenomic assembly and binning: reconstructing genomes from reads10мин
Application of metagenomics in surveillance - methods10мин
Potential of metagenomics for surveillance10мин
Challenges of metagenomics for surveillance10мин
Assessment case-study - part 45мин
Report D10мин
Epidemiology sheet and Report E10мин
Introduction5мин
Final quiz - section I - Sampling10мин
Final quiz - section II - Quality control30мин
Final quiz - section III - Bioinformatics analysis of metagenomics30мин
Final quiz - section IV - Interpretation of metagenomics results10мин
Final quiz - section V - Final quiz - section V - Analysis of metagenomics results in a surveillance context10мин
Quiz6 практического упражнения
Module 3 assessment10мин
Final quiz - section I - Sampling18мин
Final quiz - section II - Quality control30мин
Final quiz - section III - Bioinformatics analysis of metagenomics30мин
Final quiz - section IV - Interpretation of metagenomics results30мин
Final quiz - section V - Analysis of metagenomics results in a surveillance context30мин

Преподавателя

Avatar

Ana Sofia Ribeiro Duarte

Assistant Professor
National Food Institute
Avatar

Sünje Johanna Pamp

Associate Professor
Research Group for Genomic Epidemiology, Technical University of Denmark
Avatar

Liese Van Gompel

PhD Candidate Epidemiology
Utrecht University, Institute for Risk Assessment Sciences (IRAS)
Avatar

Pimlapas Leekitcharoenphon

PostDoc
Research Group for Genomic Epidemiology, DTU Food

О Technical University of Denmark (DTU)

DTU focuses on research in technical and natural sciences that contributes to the development of society. As an industrially orientated university, our goal is to supply high-level international research based on combining theory with constructing models and empirical methods....

Часто задаваемые вопросы

  • Зарегистрировавшись на сертификацию, вы получите доступ ко всем видео, тестам и заданиям по программированию (если они предусмотрены). Задания по взаимной оценке сокурсниками можно сдавать и проверять только после начала сессии. Если вы проходите курс без оплаты, некоторые задания могут быть недоступны.

  • Оплатив сертификацию, вы получите доступ ко всем материалам курса, включая оцениваемые задания. После успешного прохождения курса на странице ваших достижений появится электронный сертификат. Оттуда его можно распечатать или прикрепить к профилю LinkedIn. Просто ознакомиться с содержанием курса можно бесплатно.

Остались вопросы? Посетите Центр поддержки учащихся.