The field of metagenomics and whole community sequencing is a promising area to unravel the content of microbial communities and their relationship to disease and antimicrobial resistance in the human population. Bioinformatic tools are extremely important for making sense out of metagenomics data, by estimating the presence of pathogens and antimicrobial resistance determinants in complex samples. Combined with relevant explanatory data, metagenomics is a powerful tool for surveillance.
Metagenomics applied to surveillance of pathogens and antimicrobial resistance
от партнера
Metagenomics applied to surveillance of pathogens and antimicrobial resistance
Датский технический университет (DTU)
Об этом курсе
Недавно просмотрено: 22,887
Карьерные результаты учащихся
67%
начал новую карьеру, пройдя эти курсы
60%
получил значимые преимущества в карьере благодаря этому курсу
25%
стал больше зарабатывать или получил повышение
Карьерные результаты учащихся
67%
начал новую карьеру, пройдя эти курсы
60%
получил значимые преимущества в карьере благодаря этому курсу
25%
стал больше зарабатывать или получил повышение
Сертификат, ссылками на который можно делиться с другими людьми
Получите сертификат по завершении
100% онлайн
Начните сейчас и учитесь по собственному графику.
Гибкие сроки
Назначьте сроки сдачи в соответствии со своим графиком.
Прибл. 19 часов на выполнение
Предполагаемая нагрузка: 3 weeks of study, 1-3 hours/week
Английский
Субтитры: Английский
Программа курса: что вы изучите
3 ч. на завершение
From sampling to sequencing
In this module, you will be introduced to metagenomics, some of the considerations and controls that need to be in place in a metagenomics study, and to the topic of antimicrobial resistance.
3 ч. на завершение
10 видео ((всего 112 мин.)), 13 материалов для самостоятельного изучения, 2 тестов
10 видео
Welcome14мин
Introduction to metagenomics10мин
Considerations and controls for metagenomic/microbiome projects10мин
Introduction to antimicrobial resistance11мин
Sampling for surveillance18мин
Sampling at farms and slaughterhouses14мин
Sample storage2мин
Isolation of DNA from complex samples10мин
Sample processing for viral metagenomics7мин
Sequencing platforms12мин
13 материалов для самостоятельного изучения
Glossary20мин
Get started !5мин
Introduction to metagenomics2мин
Considerations and controls for metagenomic/microbiome projects2мин
Introduction to antimicrobial resistance2мин
Sampling for surveillance5мин
Sampling at farms and slaughterhouses2мин
Sample storage2мин
Isolation of DNA from complex samples2мин
Notes on library preparation5мин
Sequencing platforms10мин
Assessment case-study - part 15мин
Assessment case study - part 22мин
2 практических упражнения
Module 1 assessment - part 18мин
Module 1 assessment - part 212мин
3 ч. на завершение
FROM READS TO RESULTS
In this module, you will be introduced to the basics of bioinformatics analysis of metagenomics data, including the different types of analysis possible and the different algorithms available. You will then learn about quality control, MGmapper and KRAKEN (two freely available bioinformatics pipelines), and ResFinder (a database of antimicrobial resistance genes). An example from a real study will demonstrate some of the challenges of a bioinformatics analysis.
3 ч. на завершение
6 видео ((всего 64 мин.)), 11 материалов для самостоятельного изучения, 1 тест
6 видео
Overview of available metagenomic analysis tools7мин
MGmapper13мин
ResFinder database5мин
Demo of metagenomic classification using KRAKEN16мин
Real example of metagenomic analysis - lessons learned14мин
11 материалов для самостоятельного изучения
General introduction to bioinformatics analysis of metagenomics data5мин
Overview of available metagenomic analysis tools10мин
MGmapper10мин
MGmapper - Best mode vs Full mode10мин
ResFinder database3мин
Assessment case-study - part 310мин
Samples sheet10мин
Report A - FastQC results10мин
Report B - MGmapper results10мин
Report C - KRAKEN results10мин
Report D10мин
1 практическое упражнение
Module 2 assessment24мин
8 ч. на завершение
Interpretation of results and potential of metagenomics for surveillance
In this module you will learn about two different approaches to analyse and interpret sequence reads - classification and assembly. You will see examples of methods to vizualize read counts and to analyze metagenomics together with explanatory data. Last, you will learn the potential of metagenomics for the development of a future global and integrated surveillance, and the challenges you may encounter during that process
8 ч. на завершение
6 видео ((всего 81 мин.)), 16 материалов для самостоятельного изучения, 6 тестов
6 видео
Metagenomic assembly and binning: reconstructing genomes from reads15мин
Application of metagenomics in surveillance - methods (part 1)10мин
Application of metagenomics in surveillance - methods (part 2)16мин
Application of metagenomics in surveillance - opportunities and challenges21мин
Farewell3мин
16 материалов для самостоятельного изучения
Virtual Machine setup1ч
Analysis and visualization of read count data10мин
Metagenomic assembly and binning: reconstructing genomes from reads10мин
Application of metagenomics in surveillance - methods10мин
Potential of metagenomics for surveillance10мин
Challenges of metagenomics for surveillance10мин
Assessment case-study - part 45мин
Report D10мин
Epidemiology sheet and Report E10мин
Introduction5мин
Final quiz - section I - Sampling10мин
Final quiz - section II - Quality control30мин
Final quiz - section III - Bioinformatics analysis of metagenomics30мин
Final quiz - section IV - Interpretation of metagenomics results10мин
Final quiz - section V - Final quiz - section V - Analysis of metagenomics results in a surveillance context10мин
Extra material for final assessment10мин
6 практических упражнений
Module 3 assessment10мин
Final quiz - section I - Sampling18мин
Final quiz - section II - Quality control30мин
Final quiz - section III - Bioinformatics analysis of metagenomics30мин
Final quiz - section IV - Interpretation of metagenomics results30мин
Final quiz - section V - Analysis of metagenomics results in a surveillance context30мин
Рецензии
4.7
Лучшие отзывы о курсе METAGENOMICS APPLIED TO SURVEILLANCE OF PATHOGENS AND ANTIMICROBIAL RESISTANCE
от партнера MDMay 30, 2019
I learned a lot, they covered complex analysis topics in a clear, understandable way. I would recommend this course to anyone interested in microbial metagenomic analysis.
от партнера DNMar 21, 2020
This course was mindblowing it gives an opportunity to apply bioinformatic knowledge especially microbial diversity understanding .
от партнера SAMar 22, 2019
Felt a bit complex to understand at the end part but it's a good start to familiarize the field.
от партнера YWJun 29, 2019
This is an informative and helpful course, with practical exercises.
О Датский технический университет (DTU)
DTU focuses on research in technical and natural sciences that contributes to the development of society. As an industrially orientated university, our goal is to supply high-level international research based on combining theory with constructing models and empirical methods.
Часто задаваемые вопросы
Когда я получу доступ к лекциям и заданиям?
Зарегистрировавшись на сертификацию, вы получите доступ ко всем видео, тестам и заданиям по программированию (если они предусмотрены). Задания по взаимной оценке сокурсниками можно сдавать и проверять только после начала сессии. Если вы проходите курс без оплаты, некоторые задания могут быть недоступны.
Что я получу, оплатив сертификацию?
Оплатив сертификацию, вы получите доступ ко всем материалам курса, включая оцениваемые задания. После успешного прохождения курса на странице ваших достижений появится электронный сертификат. Оттуда его можно распечатать или прикрепить к профилю LinkedIn. Просто ознакомиться с содержанием курса можно бесплатно.
Какие правила возврата средств?
Можно ли получить финансовую помощь?
Остались вопросы? Посетите Центр поддержки учащихся.