Learn to use the tools that are available from the Galaxy Project. This is the second course in the Genomic Big Data Science Specialization.
Этот курс входит в специализацию ''Специализация Наука о геномных данных'
Наука о геномных данных с Galaxy
от партнера
Об этом курсе
Недавно просмотрено: 33,086
Приобретаемые навыки
BioinformaticsData AnalysisGenomeGenomics
Программа курса: что вы изучите
Неделя
11 ч. на завершение
Introduction
This week, we will present some of the research challenges that motivated the development of the Galaxy framework. We will then introduce Galaxy, describe what the Galaxy framework is, and look at different ways you can use it.
2 видео ((всего 13 мин.)), 4 материалов для самостоятельного изучения, 1 тест
4 материала для самостоятельного изучения
Welcome10мин
Syllabus10мин
Pre-Course Survey10мин
A Note about AWS10мин
1 практическое упражнение
Module 1 Quiz22мин
Неделя
22 ч. на завершение
Galaxy 101
In this module and the following modules we will start to use Galaxy to perform different types of analysis.
3 видео ((всего 42 мин.)), 1 тест
3 видео
Galaxy 101: Workflows12мин
Annotation, Sharing, and Publishing13мин
1 практическое упражнение
Module 2 Quiz56мин
Неделя
31 ч. на завершение
Working with sequence data
In this module we will be studying sequence data quality control as well as ChIP-Sequence Analysis with MACS.
2 видео ((всего 25 мин.)), 1 тест
1 практическое упражнение
Module 3 Quiz18мин
Неделя
44 ч. на завершение
RNA-seq & Running your own Galaxy
In these final modules, we'll take a look at working with sequence data and RNA-seq and at installing and running your own Galaxy.
4 видео ((всего 49 мин.)), 2 материалов для самостоятельного изучения, 3 тестов
4 видео
RNA Sequence Analysis: Assembly Quantitation, and Differential Expression12мин
Installing Galaxy Locally8мин
Galaxy on the Cloud19мин
2 материала для самостоятельного изучения
TopHat availability10мин
Post-Course Survey10мин
2 практического упражнения
Module 4 Quiz22мин
Module 5 Quiz20мин
25%
начал новую карьеру, пройдя эти курсы
17%
получил значимые преимущества в карьере благодаря этому курсу
Лучшие отзывы о курсе Наука о геномных данных с Galaxy
Great Course if you are interested in dissecting the genome. Galaxy opens up this invisible world and allows even us little people to explore the world once reserved to only Academia.
This was a lot of work and rewarding to complete. The final project was challenging and the forum contributors helped a lot in pointing out good resources or strategies they had used.
Преподаватели
James Taylor, PhD
Associate Professor of Biology and Computer ScienceО Университет Джонса Хопкинса
The mission of The Johns Hopkins University is to educate its students and cultivate their capacity for life-long learning, to foster independent and original research, and to bring the benefits of discovery to the world.
Специализация Наука о геномных данных: общие сведения
With genomics sparks a revolution in medical discoveries, it becomes imperative to be able to better understand the genome, and be able to leverage the data and information from genomic datasets. Genomic Data Science is the field that applies statistics and data science to the genome.
This Specialization covers the concepts and tools to understand, analyze, and interpret data from next generation sequencing experiments. It teaches the most common tools used in genomic data science including how to use the command line, along with a variety of software implementation tools like Python, R, Bioconductor, and Galaxy.
This Specialization is designed to serve as both a standalone introduction to genomic data science or as a perfect compliment to a primary degree or postdoc in biology, molecular biology, or genetics, for scientists in these fields seeking to gain familiarity in data science and statistical tools to better interact with the data in their everyday work.
To audit Genomic Data Science courses for free, visit https://www.coursera.org/jhu, click the course, click Enroll, and select Audit. Please note that you will not receive a Certificate of Completion if you choose to Audit.
Часто задаваемые вопросы
Когда я получу доступ к лекциям и заданиям?
Зарегистрировавшись на сертификацию, вы получите доступ ко всем видео, тестам и заданиям по программированию (если они предусмотрены). Задания по взаимной оценке сокурсниками можно сдавать и проверять только после начала сессии. Если вы проходите курс без оплаты, некоторые задания могут быть недоступны.
Что я получу, оформив подписку на специализацию?
Записавшись на курс, вы получите доступ ко всем курсам в специализации, а также возможность получить сертификат о его прохождении. После успешного прохождения курса на странице ваших достижений появится электронный сертификат. Оттуда его можно распечатать или прикрепить к профилю LinkedIn. Просто ознакомиться с содержанием курса можно бесплатно.
Какие правила возврата средств?
Можно ли получить финансовую помощь?
Остались вопросы? Посетите Центр поддержки учащихся.