Об этом курсе
4,293

100% онлайн

Начните сейчас и учитесь по собственному графику.

Гибкие сроки

Назначьте сроки сдачи в соответствии со своим графиком.

Начальный уровень

Прибл. 24 часа на выполнение

Русский

Субтитры: Русский

100% онлайн

Начните сейчас и учитесь по собственному графику.

Гибкие сроки

Назначьте сроки сдачи в соответствии со своим графиком.

Начальный уровень

Прибл. 24 часа на выполнение

Русский

Субтитры: Русский

Программа курса: что вы изучите

Неделя
1
1 ч. на завершение

Неделя 1 - Введение (Week 1 - Introducton)

Первая неделя нашего курса посвящена основным концепциям геномной биоинформатики. Вы узнаете об истории этой дисциплины, основных методах и алгоритмах. Также вас ждет знакомство с реальной лабораторной работой - мы расскажем, как выделяется ДНК и откуда берутся данные, с которыми нам предстоит работать в дальнейшем. <br>The first week of our course covers the basic concepts of genome bioinformatics. You will learn about the history of this discipline, the main methods and algorithms. Also you will familiarize yourself with actual laboratory work - we will explain how DNA is extracted and where the sequencing data comes from....
8 видео ((всего 61 мин.)), 1 тест
8 видео
Сиквенсные проекты (Sequencing Projects)3мин
Алгоритмы сборки (Assembly Algorithms)6мин
Подходы к анализу данных (Data Analysis Approaches)6мин
Знакомство с методами выделения геномной ДНК (Genomic DNA Isolation techniques overview) (13:49)13мин
Определение количества и качества ДНК (DNA quality and quantity control) (07:37)7мин
Подготовка ДНК-библиотек для секвенатора Illumina MiSeq (DNA-library preparation for Illumina MiSeq platform) (13:21)13мин
Запуск секвенатора Illumina MiSeq (Illumina MiSeq sequencer running) (03:25)3мин
1 практическое упражнение
Тест 1 (Quiz 1)20мин
Неделя
2
1 ч. на завершение

Неделя 2 - Технологии секвенирования (Sequencing Technologies)

Добро пожаловать на вторую неделю нашего курса! Эта неделя будет посвящена обзору методов секвенирования ДНК. Вы узнаете об истории развития этих технологий и принципах, на которых они основаны. <br>Welcome to the second week of the course! This week will be dedicated to Next Generation DNA Sequencing technologies. You will learn about the new methods development and main approaches that gave base to NGS....
4 видео ((всего 41 мин.)), 1 тест
4 видео
Обзор технологий нового поколения (NGS Technologies Overview)7мин
454, Ion Torrent, SOLiD, Illumina14мин
Synthetic Long Reads, PacBio, Oxford Nanopore9мин
1 практическое упражнение
Тест 2 (Quiz 2)20мин
Неделя
3
1 ч. на завершение

Неделя 3 - Контроль качества (Quality Control)

На этой неделе вы уже можете приступить к работе над геномным проектом. В лекциях мы поговорим о формате представления исходных данных и контроле качества. Также мы подготовили для вас небольшое введение в операционную систему Linux, так как большинство необходимых нам программ разработаны именно для нее. <br>This week your can start working on the real genome project. This week lectures will cover raw data formats and aspects of quality control. Also we offer you a brief introduction to the Linux, because the majority of bioinformatics tools developed for this operation system....
6 видео ((всего 50 мин.)), 1 тест
6 видео
Форматы данных, шкала Phred (Data Formats, Phred Scale)4мин
Проверка качества. FastQC (Quality Check. FastQC)10мин
Пример - часть 1 (Case Study - part 1)9мин
Пример - часть 2 (Case Study - part 2)8мин
Введение в Linux (Introduction to Linux)13мин
1 практическое упражнение
Тест 3 (Quiz 3)20мин
Неделя
4
2 ч. на завершение

Неделя 4 - Сборка ДНК de novo (De novo DNA assembly)

Добро пожаловать на четвертую неделю нашего курса. Она будет посвящена сборке геномов de novo. Вы узнаете о различных подходах к секвенированию малоизученных организмов, и о проблемах, которые при этом возникают. Также мы расскажем о работе алгоримов, используемых при сборке новых геномов. Оставайтесь с нами! <br>Welcome to the fourth week of our course. It will be dedicated to de novo genome assembly. You will hear about different sequencing approaches of unknown organisms, and the problems associated with this task. We will also talk about algorithms used for the assembly of new genomes. Stay tuned!...
7 видео ((всего 72 мин.)), 1 тест
7 видео
Сборка ДНК de novo - часть 2 (De novo DNA assembly - part 2)15мин
Алгоритмы (Algorithms)6мин
Сложность алгоритмов (Algorithms Complexity)9мин
Overlap Layout Concensus9мин
Графы де Брюйна (De Bruijn Graphs)8мин
Алгоритмы сборки геномов (Genome Assembly Algorithms)10мин
1 практическое упражнение
Тест 4 (Quiz 4)20мин
Неделя
5
2 ч. на завершение

Неделя 5 - Выравнивание коротких фрагментов (Short read alignment)

Пятая неделя нашего курса посвящена выравниванию коротких фрагментов на референс - подходу, который используется при работе с уже изученными геномами. В лекциях разбираются наиболее популярные программы для решения таких задач, а также основные алгоритмы для работы со строками. <br>Fifth week of our course is devoted to short read alignment to the reference genome, which is used when we work with the already studied organisms. In lectures we will talk about the most popular software for solving such problems, as well as basic algorithms for working with strings....
8 видео ((всего 84 мин.)), 1 тест
8 видео
Построение индекса (Building index)10мин
Выравнивание с помощью Bowtie (Bowtie Alignment)8мин
Форматы SAM, BAM. Сортировка. (SAM, BAM Alignment Format. Sorting.)15мин
Поиск вариантов (Variant Calling)13мин
Строковые алгоритмы. Хэш-функция. (String Algorithms. Hash.)8мин
Поиск подстроки с ошибками (String Searching with Errors)3мин
Суффиксные деревья (Suffix Trees)13мин
1 практическое упражнение
Тест 5 (Quiz 5)20мин
Неделя
6
1 ч. на завершение

Неделя 6 - Поиск и аннотация генов (Gene Finding and Annotation)

В завершающей неделе курса мы разберем методы поиска генов в собранных последовательностях и их аннотации.<br> In the final week of the course we will examine methods of gene finding and annotation in assembled sequences....
4 видео ((всего 59 мин.)), 1 тест
4 видео
Скрытые марковские модели (Hidden Markov Models)11мин
Аннотация генов в бактериальном геноме (Bacterial Genome Annotation)22мин
Анализ вариантов (Variant Analysis)17мин
1 практическое упражнение
Тест 6 (Quiz 6)20мин
Неделя
7
1 ч. на завершение

Геномный проект (Genome Project)

В этом практическом задании вам предстоит собрать и проаннотировать бактериальный геном, проинтерпретировать результаты и найти причину ужасной эпидемии, охватившей Европу в 2011 году. <br>In this practice challenge you will have to assemble and annotate bacterial genome, interpret the results and find the cause of the terrible epidemic in Europe in 2011....
4 тестов
4 практического упражнения
Часть 1: исходные данные (Part 1: Raw Data)10мин
Часть 2: сборка de novo (Part 2: De Novo Assembly)10мин
Часть 3: выравнивание по референсу (Part 3: Alignment to Reference)10мин
Часть 4: аннотация (Part 4: Annotation)8мин

Преподаватели

Avatar

Alla L Lapidus

Professor, Department of Cytology and Histology
Centre For Algorithmic Biotechnology
Avatar

Павел Добрынин

Младший научный сотрудник
Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского
Avatar

Михаил Райко

Постдок
Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского
Avatar

Екатерина Черняева

Постдок
Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского

О Санкт-Петербургский государственный университет

Санкт-Петербургский государственный университет (СПбГУ) — старейший вуз России, основанный в 1724 году. Университет сегодня — научный, образовательный и культурный центр мирового значения, неизменно входящий во все международные рейтинги вузов. В номинации взаимодействие с работодателями QS Graduate Employability 2018 СПбГУ занимает 20 место среди 400 ведущих вузов мира и является лучшим в России. В настоящее время СПбГУ реализует 418 образовательных программ, включающих самые современные направления подготовки и специальности. Сертификат об успешном окончании представленных онлайн-курсов дает 5 дополнительных баллов при поступлении на программы магистратуры и аспирантуры СПбГУ. St Petersburg University is the oldest university in Russia, founded in 1724. The University today is a world-class research, educational and cultural centre which is always included in all international rankings of world universities. St Petersburg University was ranked 20th in QS Graduate Employability Ranking 2018 among 400 leading universities in the world and is the best in Russia. At present, St Petersburg University offers 418 academic programmes, including the most advanced areas and fields of study. The certificate of successful completion of offered online courses gives five additional points when applying for master’s and doctoral programmes at St Petersburg University....

Часто задаваемые вопросы

  • Зарегистрировавшись на сертификацию, вы получите доступ ко всем видео, тестам и заданиям по программированию (если они предусмотрены). Задания по взаимной оценке сокурсниками можно сдавать и проверять только после начала сессии. Если вы проходите курс без оплаты, некоторые задания могут быть недоступны.

  • Оплатив сертификацию, вы получите доступ ко всем материалам курса, включая оцениваемые задания. После успешного прохождения курса на странице ваших достижений появится электронный сертификат. Оттуда его можно распечатать или прикрепить к профилю LinkedIn. Просто ознакомиться с содержанием курса можно бесплатно.

Остались вопросы? Посетите Центр поддержки учащихся.