Об этом курсе
4.6
Оценки: 49
Рецензии: 6
100% online

100% online

Начните сейчас и учитесь по собственному графику.
Гибкие сроки

Гибкие сроки

Назначьте сроки сдачи в соответствии со своим графиком.
Начальный уровень

Начальный уровень

Часов на завершение

Прибл. 23 часа на выполнение

Предполагаемая нагрузка: 5 hours/week...
Доступные языки

Русский

Субтитры: Русский...
100% online

100% online

Начните сейчас и учитесь по собственному графику.
Гибкие сроки

Гибкие сроки

Назначьте сроки сдачи в соответствии со своим графиком.
Начальный уровень

Начальный уровень

Часов на завершение

Прибл. 23 часа на выполнение

Предполагаемая нагрузка: 5 hours/week...
Доступные языки

Русский

Субтитры: Русский...

Программа курса: что вы изучите

Неделя
1
Часов на завершение
1 ч. на завершение

Неделя 1 - Введение (Week 1 - Introducton)

Первая неделя нашего курса посвящена основным концепциям геномной биоинформатики. Вы узнаете об истории этой дисциплины, основных методах и алгоритмах. Также вас ждет знакомство с реальной лабораторной работой - мы расскажем, как выделяется ДНК и откуда берутся данные, с которыми нам предстоит работать в дальнейшем. <br>The first week of our course covers the basic concepts of genome bioinformatics. You will learn about the history of this discipline, the main methods and algorithms. Also you will familiarize yourself with actual laboratory work - we will explain how DNA is extracted and where the sequencing data comes from....
Reading
8 видео (всего 61 мин.), 1 тест
Video8 видео
Сиквенсные проекты (Sequencing Projects)3мин
Алгоритмы сборки (Assembly Algorithms)6мин
Подходы к анализу данных (Data Analysis Approaches)6мин
Знакомство с методами выделения геномной ДНК (Genomic DNA Isolation techniques overview) (13:49)13мин
Определение количества и качества ДНК (DNA quality and quantity control) (07:37)7мин
Подготовка ДНК-библиотек для секвенатора Illumina MiSeq (DNA-library preparation for Illumina MiSeq platform) (13:21)13мин
Запуск секвенатора Illumina MiSeq (Illumina MiSeq sequencer running) (03:25)3мин
Quiz1 практическое упражнение
Тест 1 (Quiz 1)20мин
Неделя
2
Часов на завершение
1 ч. на завершение

Неделя 2 - Технологии секвенирования (Sequencing Technologies)

Добро пожаловать на вторую неделю нашего курса! Эта неделя будет посвящена обзору методов секвенирования ДНК. Вы узнаете об истории развития этих технологий и принципах, на которых они основаны. <br>Welcome to the second week of the course! This week will be dedicated to Next Generation DNA Sequencing technologies. You will learn about the new methods development and main approaches that gave base to NGS....
Reading
4 видео (всего 41 мин.), 1 тест
Video4 видео
Обзор технологий нового поколения (NGS Technologies Overview)7мин
454, Ion Torrent, SOLiD, Illumina14мин
Synthetic Long Reads, PacBio, Oxford Nanopore9мин
Quiz1 практическое упражнение
Тест 2 (Quiz 2)20мин
Неделя
3
Часов на завершение
1 ч. на завершение

Неделя 3 - Контроль качества (Quality Control)

На этой неделе вы уже можете приступить к работе над геномным проектом. В лекциях мы поговорим о формате представления исходных данных и контроле качества. Также мы подготовили для вас небольшое введение в операционную систему Linux, так как большинство необходимых нам программ разработаны именно для нее. <br>This week your can start working on the real genome project. This week lectures will cover raw data formats and aspects of quality control. Also we offer you a brief introduction to the Linux, because the majority of bioinformatics tools developed for this operation system....
Reading
6 видео (всего 50 мин.), 1 тест
Video6 видео
Форматы данных, шкала Phred (Data Formats, Phred Scale)4мин
Проверка качества. FastQC (Quality Check. FastQC)10мин
Пример - часть 1 (Case Study - part 1)9мин
Пример - часть 2 (Case Study - part 2)8мин
Введение в Linux (Introduction to Linux)13мин
Quiz1 практическое упражнение
Тест 3 (Quiz 3)20мин
Неделя
4
Часов на завершение
2 ч. на завершение

Неделя 4 - Сборка ДНК de novo (De novo DNA assembly)

Добро пожаловать на четвертую неделю нашего курса. Она будет посвящена сборке геномов de novo. Вы узнаете о различных подходах к секвенированию малоизученных организмов, и о проблемах, которые при этом возникают. Также мы расскажем о работе алгоримов, используемых при сборке новых геномов. Оставайтесь с нами! <br>Welcome to the fourth week of our course. It will be dedicated to de novo genome assembly. You will hear about different sequencing approaches of unknown organisms, and the problems associated with this task. We will also talk about algorithms used for the assembly of new genomes. Stay tuned!...
Reading
7 видео (всего 72 мин.), 1 тест
Video7 видео
Сборка ДНК de novo - часть 2 (De novo DNA assembly - part 2)15мин
Алгоритмы (Algorithms)6мин
Сложность алгоритмов (Algorithms Complexity)9мин
Overlap Layout Concensus9мин
Графы де Брюйна (De Bruijn Graphs)8мин
Алгоритмы сборки геномов (Genome Assembly Algorithms)10мин
Quiz1 практическое упражнение
Тест 4 (Quiz 4)20мин

Преподавателя

Avatar

Alla L Lapidus

Professor, Department of Cytology and Histology
Centre For Algorithmic Biotechnology
Avatar

Павел Добрынин

Младший научный сотрудник
Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского
Avatar

Михаил Райко

Постдок
Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского
Avatar

Екатерина Черняева

Постдок
Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского

О Saint Petersburg State University

The Saint-Petersburg University (SPbU) is a state university, located in Saint-Petersburg, Russia. Founded in 1724, SPbU is the oldest institution of higher education in Russia. At present, there are more than 30 000 students in SPbU studying 398 programmes...

Часто задаваемые вопросы

  • Зарегистрировавшись на сертификацию, вы получите доступ ко всем видео, тестам и заданиям по программированию (если они предусмотрены). Задания по взаимной оценке сокурсниками можно сдавать и проверять только после начала сессии. Если вы проходите курс без оплаты, некоторые задания могут быть недоступны.

  • Оплатив сертификацию, вы получите доступ ко всем материалам курса, включая оцениваемые задания. После успешного прохождения курса на странице ваших достижений появится электронный сертификат. Оттуда его можно распечатать или прикрепить к профилю LinkedIn. Просто ознакомиться с содержанием курса можно бесплатно.

Остались вопросы? Посетите Центр поддержки учащихся.