Об этом курсе
4.9
Оценки: 17
Рецензии: 1
100% онлайн

100% онлайн

Начните сейчас и учитесь по собственному графику.
Гибкие сроки

Гибкие сроки

Назначьте сроки сдачи в соответствии со своим графиком.
Начальный уровень

Начальный уровень

Часов на завершение

Прибл. 12 часа на выполнение

Предполагаемая нагрузка: 6 недель, 3-8 часов в неделю...
Доступные языки

Русский

Субтитры: Русский
100% онлайн

100% онлайн

Начните сейчас и учитесь по собственному графику.
Гибкие сроки

Гибкие сроки

Назначьте сроки сдачи в соответствии со своим графиком.
Начальный уровень

Начальный уровень

Часов на завершение

Прибл. 12 часа на выполнение

Предполагаемая нагрузка: 6 недель, 3-8 часов в неделю...
Доступные языки

Русский

Субтитры: Русский

Программа курса: что вы изучите

Неделя
1
Часов на завершение
1 ч. на завершение

Week 1 - Introduction (Введение)

The first week of our course will be dedicated to an overview of metagenomics. You will learn what metagenomics studies are and why this field of study has gained popularity in the current times. You will get acquainted with the basic approaches of metagenomic bioinformatics and with the specificity of the metagenomic analytical approaches used for the analysis of natural microbial communities. Первая неделя нашего курса знакомит с метагеномикой. Вы узнаете что изучает метагеномика и почему она возникла в наши дни. Вы познакомитесь с основными подходами метагеномной биоинформатики и особенностями аналитических подходов, применяемых для анализа природных микробных сообществ. ...
Reading
6 videos (Total 33 min)
Video6 видео
«Microbes run the World» (Микробы правят миром)3мин
«Applications of Bioinformatics» (Биоинформатические приложения)8мин
«Analytical Approaches» (Аналитические подходы)3мин
«Metagenomic Project» (Метагеномный проект)8мин
«Assembly of Metagenomes» (Сборка метагеномов)6мин
Неделя
2
Часов на завершение
1 ч. на завершение

Week 2 - Experimental Data (Экспериментальные данные)

Welcome to the second week of our course! This week is dedicated to experimental metagenomic data. We start with metagenomic DNA (mDNA) isolation and go on to sequencing and analysis to understand what is so special about this type of data. <br> Добро пожаловать на вторую неделю нашего курса! Эта неделя посвящена экспериментальным метагеномным данным. Мы пройдем от выделения метагеномной ДНК (мДНК) к ее секвенированию и анализу и поймем чем вызваны особенности этих данных и способов их получения. ...
Reading
7 videos (Total 46 min), 1 тест
Video7 видео
Metagenomic Approaches (Метагеномные подходы)5мин
Sequencing Approaches (Подходы к секвенированию)7мин
Analytical Pipelines (Аналитические подходы)5мин
Target Sequencing (Таргетное секвенирование)6мин
Sequencing Platforms (Сиквенсные платформы)8мин
Bioinformatics Algorithms: Genome as a String (Биоинформатические алгоритмы: геном как строка)7мин
Quiz1 практическое упражнение
Тест 1.20мин
Неделя
3
Часов на завершение
1 ч. на завершение

Week 3 - Analytical Approaches: 16s analysis (Аналитические подходы: анализ 16S)

This week we are going to explain how the analysis of the 16S rRNA gene sequences helps evaluate microbial diversity in metagenomic communities. You will learn about the databases that store already existing 16S sequences, and will be introduced to the analytical program QIIME, which will help you when you transition to working on metagenomic projects using real data. На этой неделе мы познакомим вас с тем, как анализ последовательностей генов 16S рРНК позволяет оценить микробное разнообразие метагеномных проб. Расскажем о базах данных, которые хранят накопленную уже информацию о 16S сиквенсах и представим аналитическую программу QIIME, которая будет вам весьма полезна в вашей работе с реальными данными метагеномных проектов. ...
Reading
4 videos (Total 41 min), 1 тест
Video4 видео
16S (16S рРНК)6мин
16S Databases (Базы данных 16S)6мин
Data Analysis in QIIME (Aнализ данных с помощью QIIME)18мин
Quiz1 практическое упражнение
Тест 220мин
Неделя
4
Часов на завершение
1 ч. на завершение

Week 4 - Analytical Approaches: Binning (Аналитические подходы: биннинг)

Welcome to the fourth week of the course. It will be devoted to binning. Don’t know what that is? Then you will be even more interested to discover what the basis of this analytical approach is and how it helps simplify the analysis of very complex metagenomic data. Stay with us! Добро пожаловать на четвертую неделю курса. Она будет посвящена биннингу. Вы не знаете что это такое? Тогда вам тем более будет интересно узнать на чем основан этот аналитический подход и как он помогает упростить задачу анализа очень сложных метагеномных данных. Оставайтесь с нами! ...
Reading
5 videos (Total 43 min), 1 тест
Video5 видео
MyCC Binning Tool (Программа MyCC)8мин
Binning Algorithms (Алгоритмы биннинга)10мин
Supervised and Unsupervised Binning (Контролируемый и Неконтролируемый Биннинг)8мин
Clustering (Кластеризация)7мин
Quiz1 практическое упражнение
Тест 310мин

Преподавателя

Avatar

Alla L Lapidus

Professor, Department of Cytology and Histology
Centre For Algorithmic Biotechnology
Avatar

Михаил Райко

Постдок
Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского
Avatar

Павел Добрынин

Младший научный сотрудник
Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского
Avatar

Екатерина Черняева

Постдок
Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского

О Saint Petersburg State University

The Saint-Petersburg University (SPbU) is a state university, located in Saint-Petersburg, Russia. Founded in 1724, SPbU is the oldest institution of higher education in Russia. At present, there are more than 30 000 students in SPbU studying 398 programmes...

Часто задаваемые вопросы

  • Зарегистрировавшись на сертификацию, вы получите доступ ко всем видео, тестам и заданиям по программированию (если они предусмотрены). Задания по взаимной оценке сокурсниками можно сдавать и проверять только после начала сессии. Если вы проходите курс без оплаты, некоторые задания могут быть недоступны.

  • Оплатив сертификацию, вы получите доступ ко всем материалам курса, включая оцениваемые задания. После успешного прохождения курса на странице ваших достижений появится электронный сертификат. Оттуда его можно распечатать или прикрепить к профилю LinkedIn. Просто ознакомиться с содержанием курса можно бесплатно.

Остались вопросы? Посетите Центр поддержки учащихся.