Об этом курсе
Недавно просмотрено: 2,409

100% онлайн

Начните сейчас и учитесь по собственному графику.

Гибкие сроки

Назначьте сроки сдачи в соответствии со своим графиком.

Начальный уровень

Прибл. 12 часа на выполнение

Предполагаемая нагрузка: 6 недель, 3-8 часов в неделю...

Русский

Субтитры: Русский

100% онлайн

Начните сейчас и учитесь по собственному графику.

Гибкие сроки

Назначьте сроки сдачи в соответствии со своим графиком.

Начальный уровень

Прибл. 12 часа на выполнение

Предполагаемая нагрузка: 6 недель, 3-8 часов в неделю...

Русский

Субтитры: Русский

Программа курса: что вы изучите

Неделя
1
1 ч. на завершение

Week 1 - Introduction (Введение)

The first week of our course will be dedicated to an overview of metagenomics. You will learn what metagenomics studies are and why this field of study has gained popularity in the current times. You will get acquainted with the basic approaches of metagenomic bioinformatics and with the specificity of the metagenomic analytical approaches used for the analysis of natural microbial communities. Первая неделя нашего курса знакомит с метагеномикой. Вы узнаете что изучает метагеномика и почему она возникла в наши дни. Вы познакомитесь с основными подходами метагеномной биоинформатики и особенностями аналитических подходов, применяемых для анализа природных микробных сообществ.

...
6 видео ((всего 33 мин.))
6 видео
«Microbes run the World» (Микробы правят миром)3мин
«Applications of Bioinformatics» (Биоинформатические приложения)8мин
«Analytical Approaches» (Аналитические подходы)3мин
«Metagenomic Project» (Метагеномный проект)8мин
«Assembly of Metagenomes» (Сборка метагеномов)6мин
Неделя
2
1 ч. на завершение

Week 2 - Experimental Data (Экспериментальные данные)

Welcome to the second week of our course! This week is dedicated to experimental metagenomic data. We start with metagenomic DNA (mDNA) isolation and go on to sequencing and analysis to understand what is so special about this type of data. <br> Добро пожаловать на вторую неделю нашего курса! Эта неделя посвящена экспериментальным метагеномным данным. Мы пройдем от выделения метагеномной ДНК (мДНК) к ее секвенированию и анализу и поймем чем вызваны особенности этих данных и способов их получения.

...
7 видео ((всего 46 мин.)), 1 тест
7 видео
Metagenomic Approaches (Метагеномные подходы)5мин
Sequencing Approaches (Подходы к секвенированию)7мин
Analytical Pipelines (Аналитические подходы)5мин
Target Sequencing (Таргетное секвенирование)6мин
Sequencing Platforms (Сиквенсные платформы)8мин
Bioinformatics Algorithms: Genome as a String (Биоинформатические алгоритмы: геном как строка)7мин
1 практическое упражнение
Тест 1.20мин
Неделя
3
1 ч. на завершение

Week 3 - Analytical Approaches: 16s analysis (Аналитические подходы: анализ 16S)

This week we are going to explain how the analysis of the 16S rRNA gene sequences helps evaluate microbial diversity in metagenomic communities. You will learn about the databases that store already existing 16S sequences, and will be introduced to the analytical program QIIME, which will help you when you transition to working on metagenomic projects using real data. На этой неделе мы познакомим вас с тем, как анализ последовательностей генов 16S рРНК позволяет оценить микробное разнообразие метагеномных проб. Расскажем о базах данных, которые хранят накопленную уже информацию о 16S сиквенсах и представим аналитическую программу QIIME, которая будет вам весьма полезна в вашей работе с реальными данными метагеномных проектов.

...
4 видео ((всего 41 мин.)), 1 тест
4 видео
16S (16S рРНК)6мин
16S Databases (Базы данных 16S)6мин
Data Analysis in QIIME (Aнализ данных с помощью QIIME)18мин
1 практическое упражнение
Тест 220мин
Неделя
4
1 ч. на завершение

Week 4 - Analytical Approaches: Binning (Аналитические подходы: биннинг)

Welcome to the fourth week of the course. It will be devoted to binning. Don’t know what that is? Then you will be even more interested to discover what the basis of this analytical approach is and how it helps simplify the analysis of very complex metagenomic data. Stay with us! Добро пожаловать на четвертую неделю курса. Она будет посвящена биннингу. Вы не знаете что это такое? Тогда вам тем более будет интересно узнать на чем основан этот аналитический подход и как он помогает упростить задачу анализа очень сложных метагеномных данных. Оставайтесь с нами!

...
5 видео ((всего 43 мин.)), 1 тест
5 видео
MyCC Binning Tool (Программа MyCC)8мин
Binning Algorithms (Алгоритмы биннинга)10мин
Supervised and Unsupervised Binning (Контролируемый и Неконтролируемый Биннинг)8мин
Clustering (Кластеризация)7мин
1 практическое упражнение
Тест 310мин
4.9
Рецензии: 1Chevron Right

Лучшие рецензии

автор: MGJul 9th 2018

Курс оказался крайне полезен для меня в качестве "точки входа" в метагеномную составляющую биоинформатики. Также очень порадовало понятное объяснение использования k-меров.

Преподаватели

Avatar

Alla L Lapidus

Professor, Department of Cytology and Histology
Centre For Algorithmic Biotechnology
Avatar

Михаил Райко

Постдок
Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского
Avatar

Павел Добрынин

Младший научный сотрудник
Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского
Avatar

Екатерина Черняева

Постдок
Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского

О Санкт-Петербургский государственный университет

Санкт-Петербургский государственный университет (СПбГУ) — старейший вуз России, основанный в 1724 году. Университет сегодня — научный, образовательный и культурный центр мирового значения, неизменно входящий во все международные рейтинги вузов. В номинации взаимодействие с работодателями QS Graduate Employability 2018 СПбГУ занимает 20 место среди 400 ведущих вузов мира и является лучшим в России. В настоящее время СПбГУ реализует 418 образовательных программ, включающих самые современные направления подготовки и специальности. Сертификат об успешном окончании представленных онлайн-курсов дает 5 дополнительных баллов при поступлении на программы магистратуры и аспирантуры СПбГУ. St Petersburg University is the oldest university in Russia, founded in 1724. The University today is a world-class research, educational and cultural centre which is always included in all international rankings of world universities. St Petersburg University was ranked 20th in QS Graduate Employability Ranking 2018 among 400 leading universities in the world and is the best in Russia. At present, St Petersburg University offers 418 academic programmes, including the most advanced areas and fields of study. The certificate of successful completion of offered online courses gives five additional points when applying for master’s and doctoral programmes at St Petersburg University....

Часто задаваемые вопросы

  • Зарегистрировавшись на сертификацию, вы получите доступ ко всем видео, тестам и заданиям по программированию (если они предусмотрены). Задания по взаимной оценке сокурсниками можно сдавать и проверять только после начала сессии. Если вы проходите курс без оплаты, некоторые задания могут быть недоступны.

  • Оплатив сертификацию, вы получите доступ ко всем материалам курса, включая оцениваемые задания. После успешного прохождения курса на странице ваших достижений появится электронный сертификат. Оттуда его можно распечатать или прикрепить к профилю LinkedIn. Просто ознакомиться с содержанием курса можно бесплатно.

Остались вопросы? Посетите Центр поддержки учащихся.